Summary
RNA-seq ( «secuenciación de ARN» ), también llamado Secuenciación del Transcriptoma Entero para Clonación al Azar[1] (del inglés Whole Transcriptome Shotgun Sequencing ), utiliza la secuenciación masiva (NGS) para revelar la presencia y cantidad de ARN, en una muestra biológica en un momento dado.[2][3]
Así, la RNA Seq usa para analizar cambios en el transcriptoma. Concretamente, la RNA-seq facilita la observación de transcritos resultantes del empalme alternativo, modificación postranscripcional, fusiones génicas, mutaciones/polimorfismos de nucleótidos únicos y cambios de expresión de genes.[4] Dado que el proceso implica la obtención de RNA total, la RNA Seq puede ayudar a caracterizar poblaciones diferentes de RNA como miRNA, tRNA, y rRNA[5] Esta tecnología, además, también puede servir para determinar las fronteras exón / intrón y verificar o enmendar regiones 5 'y 3'.
- Los datos obtenidos mediante RNA-seq han sido útiles para la realización de numerosos estudios. En un artículo publicado en 2019 en la revista Nature communications[6] se utilizan datos de ARN-seq para estudiar las firmas transcriptómicas de diferentes miembros del MTBC. Los resultados obtenidos en este estudio muestran que los diferentes clados MTBC tienen su propia firma transcriptómica.
Referencias
editar- ↑ Morin R, Bainbridge M, Fejes A, Hirst M, Krzywinski M, Pugh T, McDonald H, Varhol R, Jones S, Marra M (2008). «Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing». BioTechniques 45 (1): 81-94. PMID 18611170. doi:10.2144/000112900. Archivado desde el original el 21 de marzo de 2009. Consultado el 31 de marzo de 2019.
- ↑ Chu Y, Corey DR (August 2012). «RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation». Nucleic Acid Therapeutics 22 (4): 271-4. PMC 3426205. PMID 22830413. doi:10.1089/nat.2012.0367.
- ↑ Wang Z, Gerstein M, Snyder M (January 2009). «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63. PMC 2949280. PMID 19015660. doi:10.1038/nrg2484.
- ↑ Maher CA, Kumar-Sinha C, Cao X, Kalyana-Sundaram S, Han B, Jing X, Sam L, Barrette T, Palanisamy N, Chinnaiyan AM (March 2009). «Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer». Nature 458 (7234): 97-101. Bibcode:2009Natur.458...97M. PMC 2725402. PMID 19136943. doi:10.1038/nature07638.
- ↑ Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS (July 2012). «The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments». Nature Protocols 7 (8): 1534-50. PMC 3535016. PMID 22836135. doi:10.1038/nprot.2012.086.
- ↑ Chiner-Oms, Álvaro; Berney, Michael; Boinett, Christine; González-Candelas, Fernando; Young, Douglas B.; Gagneux, Sebastián; Jacobs, William R.; Parkhill, Julián et al. (5 de septiembre de 2019). «Genome-wide mutational biases fuel transcriptional diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex». Nature Communications (en inglés) 10 (1): 3994. ISSN 2041-1723. doi:10.1038/s41467-019-11948-6. Consultado el 5 de septiembre de 2020.
Enlaces externos
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Datos: Q2542347
