La Tercera Temporada de Babylon 5 abarca el año 2260 y toma su título general del episodio 9.
El Proyecto Babylon era nuestra última, y mejor esperanza de paz. Fracasó. Pero en el año de la guerra de las Sombras, se convirtió en algo aun mas importante: nuestra última esperanza... de victoria. El año es el 2260. El lugar: Babylon 5.Comandante Susan Ivanova
Un campamento ranger está sufriendo un bloqueo y espera un ataque de las sombras en cualquier momento. Entretanto, un agente de inteligencia de las Fuerzas Terrestres llega con la misión de recabar información sobre la nave que apareció recientemente en la ISN.
Alguien está poniendo bombas en la estación, matando indiscriminadamente.
Una sonda alienígena establece contacto con la estación con una prueba de conocimientos. Si la superan, recibirán tecnología muy avanzada. Si la fallan, serán destruidos.
El Hermano Edward, uno de los monjes que se han establecido en Babylon 5, ha empezado a tener visiones de crímenes horribles que le atormentan.
En vista de las recientes decisiones cuestionables de John Sheridan, la Central Terrestre asigna una oficial político a Babylon 5. Mientras, empieza la búsqueda de Los Primeros
El policía psíquico Bester vuelve a la estación a la caza de un traficante de "polvo", una droga que confiere al consumidor poderes telepáticos temporales. El traficante llama la atención de G'Kar que busca nuevas armas que usar contra los centauri.
Marcus consigue la ayuda de Franklin en su investigación de las desapariciones de varios residentes del Bajo Fondo, aparentemente dominados por una especie alienígena parasitaria.
La Tierra se ha hecho con una antigua nave sombra y planean activarla en una instalación de investigación científica en Ío. Sheridan y Delenn deben ir allí clandestinamente a bordo del Estrella Blanca para evitarlo.
Tras la declaración de la ley marcial en la Tierra era sólo cuestión de tiempo que la orden llegara a Babylon 5. Además, las tareas de seguridad se encargarán a los Guardianes de la Noche. Todo esto complica los planes de Londo respecto a la visita de Lady Morella, viuda del emperador y profetisa.
El Alexander llega a Babylon 5 perseguido por las fuerzas leales a Clark, forzando a la tripulación de la estación a tomar una decisión.
La ceremonia minbari del Renacimiento se celebra para conmemorar los grandes cambios, presentes o inminentes, y al estar entre ambos, Delenn considera que es el momento idóneo. Pero los Guardianes de la Noche tienen sus propios preparativos en marcha.
Vir ha progresado mucho en los últimos tiempos. Su reciente nombramiento como delegado en Minbar ha llamado la atención y le ha garantizado una pretendiente. Una con quien su familia ya ha formalizado un acuerdo matrimonial. Claro que todo eso podría cambiar si se descubre lo que ha estado haciendo últimamente.
¿Quién es el misterioso hombre que ha atravesado la aduana con una espada y una armadura? Él asegura ser el Rey Arturo de Camelot, pero ¿es eso posible?
Considerando que el enemigo del enemigo bien podría ser un amigo, Bester se convierte en un improbable aliado en la lucha contra las Sombras.
Las sombras han empezado a atacar abiertamente y Franklin y Garibaldi llegan a un punto crítico respecto a la adicción a los estimulantes, nada de lo cual importa a Londo, feliz por el regreso de Adira.
Sinclair recibe una carta muy especial. Una carta escrita por un minbari hace más de novecientos años. Debe cumplir con un destino, pero el precio será alto.
Pasado, presente y futuro se mezclan a bordo de Babylon 4. Sinclair, Sheridan y el resto averiguan más sobre lo que será, lo que podría ser, y lo que fue.
Tras dimitir de su puesto, Franklin ha emprendido una búsqueda de sí mismo que le lleva a sumergirse en el Bajo Fondo de Babylon 5. Entretanto, el nuevo embajador vorlon llega a la estación y se planea una arriesgada misión para comprobar si, efectivamente, tienen un arma contra las sombras.
Delenn es la elegida para convertirse en la nueva Entil'Zha, pero la casta guerrera, con Neroon al frente, tiene algo que decir al respecto. Y Garibaldi hace una visita al Triángulo de Babylon 5 que sólo le da motivos para reafirmarse en su odio hacia el Sector Gris
Un baptista, un rabino, un budista y un hindú llegan a Babylon 5. No es un chiste, es una trama de espionaje.
Londo decide ocuparse, brutal y definitivamente, de uno de los problemas que más dolor le ha causado.
Conseguida la estrategia, y conseguidas las armas, sólo queda llevarlas a la batalla. Y será una batalla dura, que no quedará sin respuesta.
El regreso de alguien de su pasado desvela a Sheridan muchos secretos. Los secretos de Delenn, los de los vorlon, los de las sombras. Y, a cambio, él deberá ir a Z'ha'dum. Aun sabiendo que si va, morirá.
Por diversas causas, varios episodios no fueron emitidos en el orden inicialmente previsto cuando la serie emitió por vez primera. El que sigue es el orden óptimo de visionado de los episodios (los cambios vienen señalados):