El principio de prioridad no siempre estuvo vigente. Cuando Carlos Linneo sentó las bases de la nomenclatura moderna, no ofreció reconocimiento a nombres previos. Los botánicos que le siguieron estaban igual de dispuestos a cambiar los nombres de Linneo. La primera señal de reconocimiento de la prioridad llegó en 1813, cuando A. P. de Candolle expuso algunos principios de buena práctica nomenclatural. Favorecía conservar los nombres previos, pero dejaba un amplio margen para anular nombres previos poco adecuados.^[9]​

Durante el siglo XIX, el principio fue aceptándose gradualmente por casi todos los botánicos, pero el debate continuó sobre las condiciones bajo las cuales podría ignorarse. Botánicos de un lado del debate defendían que la prioridad debía ser universal y sin excepciones. Esto habría supuesto una gran disrupción única al invertirse incontables nombres en uso a favor de nombres arcaicos anteriores. En 1891, Otto Kuntze, uno de los defensores más vocales de esta postura, hizo precisamente eso, publicando más de 30 000 nuevas combinaciones en su Revisio Generum Plantarum.^[9]​ Después siguió con nuevas publicaciones similares en 1893, 1898 y 1903.^[9]​ Sin embargo, sus esfuerzos fueron tan disruptivos que parecen haber beneficiado a sus oponentes. Para la década de 1900, la necesidad de un mecanismo de conservación de nombres era ampliamente aceptada y se discutían los detalles de dicho mecanismo. El sistema actual de «prioridad modificada» se estableció esencialmente en el Congreso de Cambridge de 1930.^[9]​

Para el siglo XIX, el sistema binomial linneano fue generalmente adoptado por los zoólogos. Al hacerlo, muchos intentaron rescatar los nombres científicos más antiguos posibles, como resultado de lo cual nombres adecuados y coherentes que prevalecían entonces —incluidos los de zoólogos eminentes como Louis Agassiz, Georges Cuvier, Charles Darwin, Thomas Huxley, Richard Owen, etc.— comenzaron a ser cuestionados. Las organizaciones científicas intentaron establecer reglas prácticas para cambiar nombres, pero no un sistema uniforme.^[10]​

El primer código zoológico con regla de prioridad se formuló inicialmente en 1842 por un comité nombrado por la British Association. El comité incluía a Charles Darwin, John Stevens Henslow, Leonard Jenyns, William Ogilby, John O. Westwood, John Phillips, Ralph Richardson y Hugh Edwin Strickland. La primera reunión fue en la casa de Darwin en Londres.^[11]​ El informe del comité, escrito por Strickland, se implementó como las Rules of Zoological Nomenclature,^[12]​ y popularmente se conoció como el Stricklandian Code («Código de Strickland»).^[13]​ No fue respaldado por todos los zoólogos, ya que permitía nombrar, renombrar y reclasificar con relativa facilidad, como informaba Science: «La peor característica de este abuso no es tanto la imposición de nombres desconocidos a criaturas bien conocidas como la transferencia de uno a otra».^[10]​

En zoología, el principio de prioridad está definido por el International Code of Zoological Nomenclature (4.ª edición, 1999) en su artículo 23:

El nombre válido de un taxón es el nombre disponible más antiguo aplicado a él, a menos que ese nombre haya sido invalidado o que otro nombre tenga precedencia por cualquier disposición del Código o por cualquier decisión de la Comisión [la Comisión Internacional de Nomenclatura Zoológica. Por esta razón, la prioridad se aplica a la validez de los sinónimos [Art. 23.3], a la precedencia relativa de los homónimos [Arts. 53-60], a la corrección o no de las grafías [Arts. 24, 32], y a la validez de los actos nomenclaturales (como los actos tomados bajo el Principio del Primer Revisor [Art. 24.2] y la fijación de tipos portadores de nombre [Arts. 68, 69, 74.1.3, 75.4]).^[14]​

Existen excepciones: otro nombre puede tener precedencia por cualquier disposición del Código o por una decisión de la Comisión. Según el preámbulo del ICZN:

La prioridad de publicación es un principio básico de la nomenclatura zoológica; sin embargo, bajo las condiciones prescritas en el Código su aplicación puede modificarse para conservar un nombre largamente aceptado en su significado acostumbrado. Cuando la estabilidad de la nomenclatura esté amenazada en un caso individual, la aplicación estricta del Código puede, bajo condiciones especificadas, ser suspendida por la Comisión Internacional de Nomenclatura Zoológica.^[15]​

En botánica, el principio está definido por el Código de Shenzhen (o el International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants) de 2017 en su artículo 11:

Cada familia o taxón de rango inferior con una determinada circunscripción, posición y rango solo puede llevar un nombre correcto. Se hacen excepciones especiales para nueve familias y una subfamilia para las que se permiten nombres alternativos (véanse los arts. 18.5 y 19.8). Se permite el uso de nombres separados para los taxones fósiles que representan distintas partes, etapas del ciclo vital o estados de preservación de lo que pudo haber sido un único taxón organismal o incluso un solo individuo (Art. 1.2).^[16]​

La prioridad tiene dos aspectos:

1. El primer nombre científico formal publicado para un taxón vegetal o animal será el nombre que se debe usar, llamado nombre válido en zoología y nombre correcto en botánica (principio de sinonimia).
2. Una vez que se ha usado un nombre, ninguna publicación posterior de ese nombre para otro taxón será válida (zoología) o válidamente publicada (botánica) (principio de homonimia).

Obsérvese que la nomenclatura botánica y la zoológica son independientes, y las reglas de prioridad relativas a los homónimos operan dentro de cada disciplina, pero no entre ellas. Así, un animal y una planta pueden llevar el mismo nombre, que se denomina entonces hemihomónimo.

Existen disposiciones formales para hacer excepciones al principio de prioridad en cada uno de los Códigos. Si se descubre un nombre previo arcaico u oscuro para un taxón establecido, el nombre vigente puede declararse nomen conservandum (botánica) o conserved name (zoología), y así conservarse frente al nombre previo. La conservación puede evitarse por completo en zoología, ya que estos nombres pueden caer en la categoría formal de nomen oblitum. De modo similar, si el nombre actual de un taxón resulta tener un homónimo previo arcaico u oscuro, el nombre actual puede declararse nomen protectum (zoología) o suprimirse el más antiguo, convirtiéndose en nomen rejiciendum (botánica).

En botánica y horticultura, el principio de prioridad se aplica a los nombres en el rango de familia y por debajo.^[17]​^[18]​ Cuando se realizan traslados a otro género o de una especie a otra, el «epíteto final» del nombre se combina con el nombre del nuevo género, con los ajustes necesarios para la gramática del latín, por ejemplo:

• Cuando Festuca subgénero Schedonorus se trasladó al género Lolium, su nombre pasó a ser Lolium subgénero Schedonorus.^[19]​
• Xiphion danfordiae Baker fue trasladada a Juno danfordiae (Baker) Klatt, Iridodictium danfordiae (Baker) Nothdurft^[20]​ y Iris danfordiae (Baker) Boiss.^[21]​ El nombre entre paréntesis cita al autor que publicó el epíteto específico, y el nombre tras los paréntesis cita al autor que publicó la nueva combinación del epíteto específico con el nombre genérico.^[22]​
• Orthocarpus castillejoides var. humboldtiensis D.D. Keck se trasladó a Castilleja ambigua var. humboldtiensis (D.D. Keck) J.M. Egger.^[23]​
• Cuando Caladenia alata se trasladó al género Petalochilus, el género gramatical de las palabras latinas requirió un cambio en la terminación del epíteto específico a la forma masculina, Petalochilus alatus.^[24]​

En zoología, el principio de prioridad se aplica a los nombres entre los rangos de superfamilia y subespecie (no a las variedades, que están por debajo del rango de subespecie).^[25]​ También, a diferencia de la botánica, no se rastrea la autoría de las nuevas combinaciones, y solo se cita siempre la autoridad original. Ejemplo:

• A. A. Girault publicó la descripción de una avispa como Epentastichus fuscus el 10 de diciembre de 1913, y el 29 de diciembre de 1913 publicó la descripción de una especie relacionada como Neomphaloides fusca.^[26]​ Finalmente, ambas especies fueron transferidas al mismo género, Aprostocetus, momento en el que ambas habrían pasado a ser Aprostocetus fuscus (Girault, 1913), salvo que la publicada 19 días más tarde era el homónimo más joven y su nombre se sustituyó por Aprostocetus fuscosus Bouček, 1988.^[27]​

• En 1855, John Edward Gray publicó el nombre Antilocapra anteflexa para una nueva especie de berrendo, basándose en un par de cuernos. Sin embargo, ahora se cree que su espécimen pertenecía a un individuo inusual de una especie ya existente, Antilocapra americana, con un nombre publicado por George Ord en 1815. El nombre más antiguo, el de Ord, tiene prioridad; Antilocapra anteflexa pasa a ser un sinónimo menor.
• En 1856, Johann Jakob Kaup publicó el nombre Leptocephalus brevirostris para una nueva especie de anguila. Sin embargo, en 1893 se comprendió que el organismo descrito por Kaup era en realidad la forma juvenil de la anguila europea (véase eel life history para la historia completa). La anguila europea fue nombrada Muraena anguilla por Carlos Linneo en 1758. Por tanto, Muraena anguilla es el nombre que debe usarse para la especie, y Leptocephalus brevirostris debe considerarse un sinónimo menor y no utilizarse. Hoy la anguila europea se clasifica en el género Anguilla (Garsault, 1764), por lo que su nombre actualmente usado es Anguilla anguilla (Linnaeus, 1758).

• Regla de Kew