El nombre de Pozo Negro se debe con la oscura tonalidad de sus aguas, propiciada por la casi omnipresente sombra que proyecta el Pico Otero. Durante el siglo XIV está documentada la denominación de Laguna Verde^[1]​que se corresponde con la naturaleza verde turquesa que tienen sus aguas al sol. Se desconoce la fecha del cambio de nombre.

El Pozo Negro es un modesto cuerpo de agua que se originó a consecuencia de la glaciación Würm, a finales del Cuaternario. Se encuentra ubicado en una pequeña cubeta glaciar en la umbría del Pico Otero. Muy cerca del límite de Burgos con La Rioja, en una de las áreas más recónditas y de difícil acceso de la Sierra de la Demanda. Es la única laguna de aguas permanentes del cordal mayor de la Demanda, lo que la diferencia claramente de otras lagunas menores y estacionarias como las de San Millán o Rehoyo. Sus aguas, como las de la mayoría de lagos de montaña, son frías. Mientras que su profundidad aún no ha sido medida.

En el propio Pozo Negro, se encuentran anfibios como el Lissotriton helveticus punctillatus una subespecie endémica de tritón palmeado gravemente amenazada o también el tritón alpino.^[2]​También hay poblaciones de peces salmónidos y ciprínidos introducidos posteriormente por el ser humano.^[3]​

En el entorno de la laguna se encuentra una abundante fauna de alta montaña especialmente jabalíes, ciervos y corzos.^[4]​ Junto con otras especies como el lobo o una de las últimas poblaciones de la amenazada perdiz pardilla.^[2]​ También se encuentran rebaños de ganado especialmente vacuno, que antaño usaban el Pozo Negro como agostadero y abrevadero.^[1]​

En el interior de sus aguas se encuentran pequeñas colonias de algas del tipo diatomea como la Asterionella formosa.^[5]​

La vegetación que rodea el Pozo Negro pertenece al dominio de la España atlántica. Dándose dos tipos de ecosistemas el roquedo y el pastizal de alta montaña, cubierto mayoritariamente de brezos. A menor altitud se encuentran frondosas y húmedas^[6]​ formaciones arbóreas con predominio de los hayedos y pinares.

Como otras lagunas del norte del Sistema Ibérico (las lagunas de Neila o Laguna Negra de Urbión) las leyendas son similares, en todas ellas late la creencia de que no tienen fondo y se comunican con el mar. Por ello, cuando el mar está agitado, las lagunas se enfurecen y engendran tormentas. Concretamente se creía que las tormentas y sus perniciosas consecuencias sucedían porque alguien estaba echando piedras al Pozo Negro.^[1]​

También había numerosas historias entre los pastores contando los numerosos casos de animales que se habían ahogado o desaparecido en el Pozo Negro, intentando disuadir del baño en sus oscuras aguas.

El Pozo Negro se encuentra en una de las áreas más aisladas de la Sierra de la Demanda, siendo su acceso sólo posible a pie. Desde Fresneda de la Sierra se debe tomar la pista de tierra que conduce al refugio de Tres Aguas. Donde comienza un camino que asciende hacia el Pozo Negro. Al alcanzar una pronunciada curva, marcada por un hito montañero, se debe abandonar el camino y seguir por un sendero a mano izquierda que nos conducirá pegado al joven río Tirón entre la floresta del hayedo. La duración aproximada del itinerario total (ida y vuelta) desde Tres Aguas es de siete horas.^[2]​

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• Lissotriton helveticus punctillatus
• Sierra de la Demanda

1. ↑ ^{a b c} «Riojarchivo » El Pozo Negro». Consultado el 28 de julio de 2024. 
2. ↑ ^{a b c} del Rivero, Enrique (2001). Rincones singulares de la provincia de Burgos. V. El norte de la Sierra de la Demanda. Caja de Burgos. ISBN 84-87152-64-3.  |fechaacceso= requiere |url= (ayuda)
3. ↑ Conservación especies amenazadas: Triturus helveticus punctillatus. 
4. ↑ Pozo Negro Fresneda de la Sierra Tirón. 
5. ↑ «Asterionella formosa». 
6. ↑ SORBUS. «EL POZO NEGRO». SORBUS. Consultado el 29 de julio de 2024.