En la parte superior del Master System Converter hay una ranura para cartuchos y otra para tarjetas, por lo que se pueden utilizar juegos en ambos formatos. De este modo la Mega Drive se convierte en compatible con la Master System casi al 100%. No obstante destaca el hecho, oculto entonces, de que Mega Drive ya incluía de serie toda la circuitería y los chips que la hacían compatible con Master System. El Master System Converter lo único que hacía era aportar la ranura de cartucho de Master System y otra de tarjetas, y de forma interna sólo activaba un sensor eléctrico que activaba la CPU de Master System ya presente dentro de la propia Mega Drive. Con posterioridad también fue puesto a la venta el Master System Converter 2, una versión de un tamaño más reducido y que ya no disponía de ranura para tarjetas. Esta versión sólo apareció en Europa y es la única compatible con Mega Drive II, ya que Master System Converter 1 no encajaba en este segundo modelo de Mega Drive.

Solo unos pocos juegos tienen problemas al intentar usarlos en la Mega Drive:

• F-15 Fighting Falcon: intenta activar un modo de vídeo que no está disponible con la Mega Drive. La Master System incluía compatibilidad con el TMS9918, el chip gráfico que usaban la SG-1000 y el SC-3000. Esta compatibilidad fue eliminada en el chip gráfico de la Mega Drive, por lo que es imposible utilizar este cartucho.

• Bart vs. Space Mutants: pequeños problemas con la paleta de colores.

• Cosmic Spacehead: usa un modo de vídeo con una resolución de 224 líneas que no está soportado por el chip gráfico de la Mega Drive.

• Micro Machines: usa un modo de vídeo con una resolución de 224 líneas que no está soportado por el chip gráfico de la Mega Drive.

• Y's (versión japonesa): el juego sacaba provecho de un error que tenía el chip gráfico original de la Master System. Este error fue corregido en el chip de la Mega Drive.