Mientras la Armada de los Estados Unidos estaba construyendo su primer submarino, el USS Alligator, durante la guerra civil estadounidense a fines de 1861, los Confederados también lo estaban haciendo. Hunley, McClintock y Baxter Watson construyeron el Pioneer en Nueva Orleans, Luisiana. El Pioneer fue probado en febrero de 1862 en el río Misisipi, y más tarde fue remolcado al lago Pontchartrain para pruebas adicionales, pero el avance de la Unión hacia Nueva Orleans el mes siguiente llevó a los hombres a abandonar el desarrollo y hundir al Pioneer en el canal New Basin el 25 de abril de 1862.^[1]​ El equipo siguió con el American Diver, construido después de que se mudaron a Mobile, Alabama.

El Pioneer hundido fue reflotado y examinado por tropas de la Unión. El Times-Picayune de Nueva Orleans del 15 de febrero de 1868 informó que el Pioneer se había vendido como chatarra.^[2]​

El submarino Bayou St. John, ahora en la colección del Museo del Estado de Luisiana, fue identificado erróneamente como Pioneer durante décadas. El submarino Bayou St. John y el Pioneer pueden haber sido sometidos a pruebas aproximadamente al mismo tiempo y la confusión entre los dos puede remontarse a relatos contemporáneos; no está claro cuál de los dos se construyó primero.

Un modelo de tamaño natural del Pioneer se puede ver y explorar en el Museo Marítimo de la Cuenca del Lago Pontchartrain,^[3]​ en Madisonville, Luisiana.

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