Nacida en la capital colombiana de Bogotá, Pilar Cruz se licenció en Ciencias Económicas por la Universidad de Los Andes, y después cursó un Máster en Administración de Empresas por la Escuela de negocios Ross adscrita a la Universidad de Míchigan.^[3]​

Comenzó su carrera profesional como analista.^[4]​ En 2002 se incorporó a Cargill como asociada en Estrategia Corporativa y Desarrollo de Negocios y durante dos décadas fue desarrollando diferentes cargos en la compañía en los ámbitos de proteínas y nutrición animal, en Canadá, Estados Unidos, Brasil, Costa Rica, Nicaragua y el Reino Unido, entre otros.^[3]​ Ha sido presidenta de la filial Aqua Nutrition y en 2017, se convirtió en presidenta del negocio de alimentación y nutrición de Cargill a nivel mundial.^[3]​^[5]​ En 2021, la compañía la nombró directora de sostenibilidad, siendo la primera persona en ocupar el cargo y la primera persona de America Latina en pasar a formar parte de su equipo directivo.^[1]​^[6]​

A lo largo de su carrera, Cruz ha colaborado con otras compañías en la descarbonización de las cadenas de suministro.^[1]​ Se convirtió en miembro del consejo de administración de la empresa cotizada estadounidense que trabaja para la filtración de aire, aceite y líquidos industriales y de motores, Donaldson Company Inc y en el de la británica Avara Food Holding.^[3]​^[7]​ En 2022, fue nombrada miembro de la junta directiva del Programa Mundial de Alimentos.^[8]​^[9]​

En 2024, la revista TIME incluyó a Cruz en la lista TIME100 Climate 2024, lo que la reconocía como uno de los 100 líderes empresariales más influyentes del mundo en clima.^[2]​