Se reconocen las siguientes:^[2]​

• Phyllodactylus angelensis Dixon, 1966
• Phyllodactylus angustidigitus Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus apricus Dixon, 1966
• Phyllodactylus barringtonensis Van Denburgh, 1912
• Phyllodactylus baurii Garman, 1892
• Phyllodactylus bordai Taylor, 1942
• Phyllodactylus bugastrolepis Dixon, 1966
• Phyllodactylus clinatus Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus darwini Taylor, 1942
• Phyllodactylus davisi Dixon, 1964
• Phyllodactylus delcampoi Mosauer, 1936
• Phyllodactylus delsolari Venegas, Townsend, Koch & Böhme, 2008
• Phyllodactylus dixoni Rivero-Blanco & Lancini, 1968
• Phyllodactylus duellmani Dixon, 1960
• Phyllodactylus galapagensis Peters, 1869
• Phyllodactylus gerrhopygus (Wiegmann, 1834)
• Phyllodactylus gilberti Heller, 1903
• Phyllodactylus heterurus Werner, 1907
• Phyllodactylus homolepidurus Smith, 1935
• Phyllodactylus inaequalis Cope, 1876
• Phyllodactylus insularis Dixon, 1960
• Phyllodactylus interandinus Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus johnwrighti Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus julieni Cope, 1885
• Phyllodactylus kofordi Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus lanei Smith, 1935
• Phyllodactylus leei Cope, 1889
• Phyllodactylus leoni Torres-Carvajal, Carvajal-Campos Barnes, Nicholls & Pozo-Andrade, 2013
• Phyllodactylus lepidopygus (Tschudi, 1845)
• Phyllodactylus martini Lidth De Jeude, 1887
• Phyllodactylus microphyllus Cope, 1876
• Phyllodactylus muralis Taylor, 1940
• Phyllodactylus nocticolus Dixon, 1964
• Phyllodactylus palmeus Dixon, 1968
• Phyllodactylus papenfussi Murphy, Blair & De La Cruz, 2009
• Phyllodactylus paralepis McCranie & Hedges, 2013
• Phyllodactylus partidus Dixon, 1966
• Phyllodactylus paucituberculatus Dixon, 1960
• Phyllodactylus pulcher Gray, 1830
• Phyllodactylus pumilus Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus reissii Peters, 1862
• Phyllodactylus rutteni Hummelinck, 1940
• Phyllodactylus santacruzensis Dixon, 1966
• Phyllodactylus sentosus Dixon & Huey, 1970
• Phyllodactylus thompsoni Venegas, Townsend, Koch & Böhme, 2008
• Phyllodactylus tinklei Dixon, 1966
• Phyllodactylus transversalis Huey, 1975
• Phyllodactylus tuberculosus Wiegmann, 1834
• Phyllodactylus unctus (Cope, 1864)
• Phyllodactylus ventralis O'Shaughnessy, 1875
• Phyllodactylus wirshingi Kerster & Smith, 1955
• Phyllodactylus xanti Cope, 1863

•   Wikispecies tiene un artículo sobre Phyllodactylus.
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