Estudió Humanidades y Latinidad en el Colegio de los Padres Escolapios de San Antonio Abad; Filosofía, Retórica, Griego y Hebreo en los Reales Estudios de San Isidro; y Derecho en la Universidad de Alcalá de Henares, de la que en 1820 salió doctorado in utroque iure. Ordenado sacerdote, ofició como párroco de la iglesia de la Santa Cruz.^[1]​

En 1826 presentó ante la Real Academia de la Historia, en aquella época bajo la dirección de Martín Fernández de Navarrete, sus correcciones al Diccionario geográfico-estadístico de España y Portugal de Sebastián de Miñano, lo que le valió ser admitido en la institución,^[2]​ en la que en los años siguientes se mostró muy activo: fue bibliotecario y archivero de la Academia, perteneció a la sección de estudios orientales relativos a España y a la comisión de trabajos arábigos y de historiadores de Indias, preparó para la prensa los tomos XI al XXII del Viaje literario de Jaime Villanueva, y colaboró con Miguel Salvá en varios volúmenes de la Colección de documentos inéditos para la historia de España, destacando entre ellos la edición de la crónica de Enrique IV^[3]​ y la del Cronicón de Valladolid.^[4]​ Fue también bibliotecario de la Universidad de Madrid,^[5]​ académico correspondiente de la Academia de Ciencias de Viena y de la Academia de Buenas Letras de Barcelona, y recibió la Gran Cruz de Carlos III.^[6]​

Tras el fallecimiento de José de la Canal, la Academia le encargó la continuación de la España sagrada, de la que redactó los tomos XLVII y XLVIII,^[7]​ pero antes de poder publicar el siguiente falleció a los 56 años de edad como consecuencia de una apoplejía.^[8]​ Fue sepultado en la iglesia de San Justo de Madrid.^[6]​

• Salvá, Miguel (1854). Biografía de D. Pedro Sainz de Baranda y catálogo de sus obras. Madrid. 
• Vidart, Luis (1854). «El doctor Don Pedro Sainz de Baranda». Semanario pintoresco español (Madrid): 188. Consultado el 16 de junio de 2021. 
• Real Academia de la Historia (1862). «Biografía del presbítero Don Pedro Sainz de Baranda». España sagrada (Madrid) XLVIII: XI-XXV. Consultado el 16 de junio de 2021. 
• Quintana Bermúdez de la Puente, Covadonga (2020). «Pedro Sáinz de Baranda y San Juan de Santa Cruz». Diccionario biográfico español.