Pedro heredó de su padre, fallecido entre 1181 y 1183, los castillos de Courtenay y Montargis. Por mediación de su primo, el rey Felipe II de Francia, se casó en 1184 con Inés, hija del conde Guido de Nevers y heredera de los condados de Nevers, Auxerre y Tonnerre. A cambio de esta notable herencia, cedió Montargis a la Corona.

Pedro acompañó al rey en la tercera cruzada en 1190 y regresó con su séquito en 1191. Poco después de su retorno, en 1193, su esposa falleció, dejando los tres condados a su hija en común, Matilde, nacida alrededor de 1188. Como tutor de su hija, continuó administrando sus dominios. Inmediatamente después, acordó un matrimonio con la familia del conde Balduino IX de Flandes, casándose con su hermana Yolanda en 1193. Además, se estipuló que Matilde se casaría con el hermano del conde, el marqués Felipe I de Namur, cuando alcanzara la edad adecuada. Sin embargo, en 1197, el conde de Flandes se rebeló contra el rey Felipe II, quien en 1199 prohibió el matrimonio de la heredera de Nevers con el hermano de su enemigo, tras recibir una advertencia del papa Inocencio III.

Por la misma época, Pedro entró en conflicto con Hervé de Donzy por la posesión del castillo de Gien. Aunque recibió el apoyo del rey en forma de compañías de mercenarios, fue derrotado y puesto en fuga por su enemigo el 3 de agosto de 1199, en una batalla cerca de Donzy. Para resolver la disputa, Felipe II intervino directamente y promovió el matrimonio entre Matilde y Hervé de Donzy, otorgándoles el gobierno de Nevers. A Pedro se le concedió el derecho de usufructo vitalicio sobre Auxerre y Tonnerre, mientras que Gien pasó inmediatamente a dominio de la Corona.

Entre 1209 y 1211, participó junto a su hermano Roberto de Courtenay en la cruzada albigense y luchó en la batalla de Bouvines en 1214. Ya en 1212, su esposa había heredado el Marquesado de Namur tras la muerte de su hermano.

Los hermanos de Yolanda, Balduino IX y Enrique, se convirtieron en los primeros soberanos del Imperio latino de Constantinopla, establecido tras la cuarta cruzada. En 1212, tras la muerte de su hermano Felipe, Yolanda heredó el Marquesado de Namur, que Pedro gobernó en su nombre.

La muerte de Enrique en 1216 impuso a la nobleza de Constantinopla la responsabilidad de encontrar un sucesor, ya que el emperador no dejó hijos con derecho a heredar. Finalmente, eligieron a Pedro, y le ofrecieron la dignidad imperial ese mismo año. Es destacable que en ese proceso se ignoró un principio de sucesión femenina debido a que su legitimidad como emperador no derivaba de su matrimonio con la potencial heredera de los primeros emperadores latinos, sino de la elección de los barones. Tampoco se consideraron los posibles derechos hereditarios de las hijas de Balduino I, que vivían en Flandes. Esta elección probablemente respondió a la difícil situación política del joven y frágil Imperio latino, que debía defenderse constantemente contra los herederos de la aristocracia bizantina; en Asia Menor, luchaba contra el Imperio de Nicea de Teodoro I Láscaris, mientras que en Europa enfrentaba al Despotado de Epiro de Teodoro Comneno Ducas. Además, el ascendente Imperio búlgaro de los Asen representaba otra amenaza. Ante este panorama, los barones latinos concluyeron que solo un comandante militar en el trono podría garantizar la supervivencia de su imperio. Pedro, como veterano de las cruzadas y con experiencia en batalla, era una elección lógica. Otro factor que jugó a su favor fue su linaje Capeto, lo que lo vinculaba por sangre a la monarquía francesa, permitiendo mantener conexiones políticas con la «madre patria» de los latinos. Además, tenía varios hijos, lo que aseguraba una sucesión estable. Una de sus hijas ya estaba casada con el rey Andrés II de Hungría, el gobernante más poderoso del sudeste de Europa, lo que le proporcionaba un aliado valioso.

En la primavera de 1217, Pedro emprendió el viaje a Constantinopla con su esposa, cuatro de sus hijos y un pequeño séquito. Su hijo mayor, Felipe, heredó Namur, mientras que el segundo, Roberto, también permaneció en sus tierras natales. La ruta elegida, común entre los viajeros franceses a Oriente, los llevó a Italia, donde planeaban continuar el viaje por mar. En Roma, el 9 de abril de 1217, Pedro fue consagrado y coronado emperador por el papa Honorio III en la basílica de San Lorenzo Extramuros. Así, se convirtió en el único emperador latino que recibió la corona directamente del sumo pontífice. Cabe destacar el lugar de la ceremonia: según el cronista Conrado de Fabaria, Pedro no fue coronado en la antigua basílica de San Pedro, ya que este templo estaba reservado exclusivamente para la coronación de los emperadores del Sacro Imperio. Si se hubiera realizado allí, podría haberse interpretado que el emperador bizantino tenía derechos sobre la ciudad. Además, habría sido necesario el consentimiento del emperador del Sacro Imperio en funciones, que en 1217 era el debilitado Otón IV, mientras que el papa apoyaba a Federico II de Hohenstaufen, quien aún no había sido coronado. El 11 de abril de 1217, Pedro firmó su primer documento con el título imperial: «Pedro, por la gracia de Dios, fidelísimo en Cristo, emperador de Constantinopla, coronado por Dios, gobernante de Romania y siempre augusto». En este documento, confirmó al dux de Venecia Pietro Ziani el tratado de 1204 acordado entre los jefes de la cuarta cruzada y Enrico Dandolo, que establecía la división del Imperio bizantino entre los latinos y Venecia. El 16 de abril de 1217, emitió su segundo y último documento como emperador, en el que reconocía los derechos sucesorios de los hijos de Bonifacio de Montferrato, asegurando así la herencia de Demetrio en el Reino de Tesalónica.

A finales de abril de 1217, Pedro reanudó su viaje junto con su séquito y ahora acompañado por el legado papal Giovanni Colonna. Se planeaba llegar a Constantinopla por mar, bordeando Grecia en barcos venecianos. En Brindisi, se separó de su familia, que debía viajar por delante de él, mientras que él, en el espíritu de la cuarta cruzada, debía conquistar para Venecia, como pago por el transporte marítimo, la importante ciudad portuaria de Durazzo, que estaba bajo el dominio del déspota de Epiro. Sin embargo, con solo un pequeño contingente armado, el ataque a la fortificada ciudad fracasó de inmediato. Al parecer, la flota veneciana regresó a su ciudad de origen debido a la anulación del contrato de transporte. Ante esto, Pedro decidió emprender la ruta terrestre directa hacia Constantinopla, lo que significaba atravesar el territorio enemigo de Epiro. Esta decisión resultó fatal, ya que su grupo de viaje fue descubierto y capturado por las fuerzas de Teodoro.

El destino final del emperador sigue siendo un misterio histórico. No se ha registrado una fecha exacta de su muerte en ninguna crónica, aunque su fallecimiento en cautiverio suele mencionarse en relación con su captura. Las cartas papales fechadas el 28 de julio de 1217 y el 4 de noviembre de 1217 todavía lo mencionan como prisionero y con vida, pero después de estas fechas no hay más noticias sobre él. El cardenal Colonna, quien también había sido capturado, fue liberado en la primavera de 1218 tras la amenaza papal de una cruzada contra el déspota, pero en esa ocasión no se hizo mención alguna del enperador, lo que sugiere que ya había fallecido. Por otro lado, su esposa Yolanda, tras su llegada a Constantinopla, asumió la regencia en su nombre como emperatriz consorte y la mantuvo hasta su muerte a finales de 1219, sin que se discutieran disposiciones sobre una sucesión al trono. Esto indica que ella y los barones de Constantinopla creían que Pedro seguía vivo; de lo contrario, no habría habido fundamento para la regencia de Yolanda, y uno de sus hijos habría sido nombrado emperador. Sin embargo, esto solo ocurrió tras la muerte de la regente en 1219, cuando la muerte de su esposo aparentemente se convirtió en un hecho indiscutible. El historiador bizantino Jorge Acropolita afirmó que Pedro murió por la espada, lo que sugiere una ejecución, aunque ningún otro informe confirma esta versión.

Para la sucesión al trono de Constantinopla, los barones latinos acordaron en diciembre de 1219 ofrecer la corona imperial al hijo mayor de Pedro, Felipe. Sin embargo, este rechazó la dignidad imperial en favor de su hermano menor, Roberto.

De sus matrimonios tuvo numerosa descendencia, de su primera esposa Inés de Nevers tuvo a Matilde de Courtenay, y con Yolanda de Flandes tuvo a:

• Margarita de Courtenay (1194-1270), heredera de su hermano Enrique en la Marca de Namur.
• Felipe de Courtenay (1195-1226), Marqués de Namur como heredero de su tío Felipe, hermano de Yolanda. Felipe declinó la corona del Imperio, por lo que no sucedió a su madre.
• Sibila de Courtenay (1197-1210), monja
• Isabel de Courtenay (1199-1269), casada con Gaucher de Bar y luego con Eudes de Borgoña, señor de Montaigu
• Yolanda de Courtenay (1200-1233), reina de Hungría con Andrés
• Roberto de Courtenay (1201-1228), heredero de sus padres como Emperador Latino de Constantinopla
• Inés de Courtenay (1202-1247), casada con Godofredo II de Villehardouin, príncipe de Acaya
• María de Courtenay (1204-1222), casada con Teodoro I Láscaris, emperador de Nicea
• Enrique de Courtenay (1206-1229), heredero de su hermano mayor como Marqués de Namur, al igual que este declinó la corona del Imperio Latino
• Leonor de Courtenay (1208-1230), casada con Felipe de Montfort
• Constanza de Courtenay (n. 1210), monja
• Balduino de Courtenay (1217-1273), heredero de su hermano Roberto y último Emperador Latino de Constantinopla

• (en francés) René Grousset, L'Empire du Levant : Histoire de la Question d'Orient, Paris, Payot, coll. «Bibliothèque historique», 1949 (réimpr. 1979), 648 p. (ISBN 2-228-12530-X)
• (en francés) «Pierre II de Courtenay», Jean François Michaud, Biographie Universelle Ancienne et Moderne, vol. 33, Paris, Ch Delagrave et Cie, XIXe siècle, p. 249-250

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