Agirrebaltzategi nació en Araotz y a los once años ingresó en Aránzazu como aspirante a fraile. Continuó sus estudios de humanidades en Forúa durante dos años y en 1959 se trasladó a Olite para estudiar filosofía.^[2]​ En 1962 regresó a Aránzazu para estudiar teología, donde se ordenó sacerdote en 1966. Profundizó sus estudios de teología en la Pontificia Universidad Antonianum de Roma entre 1966 y 1970.^{[cita requerida]} En 1970 se doctoró en teología.^[3]​ Tras finalizar sus estudios, regresó al País Vasco y compaginó la colaboración en publicaciones como Jakin,^[4]​ Anaitasuna o Jaunaren Deia.^{[cita requerida]} También formó parte de iniciativas en favor de los pueblos y lenguas minorizadas, dentro de organizaciones como el CIEMEN (Centre Internacional Escarré per a les Minories Ètniques i les Nacions) y el CONSEU (Conferència de Nacions Sense Estat d’Europa). Fue miembro del consejo editorial de la revista Europa de les Nacions. En 1995 recibió el premio internacional del CIEMEN.^[2]​

Con el fin de promover el uso del euskera en diversos ámbitos, ha participado en la creación de diferentes instituciones como UZEI (Escuela vasca de servicios universitarios) y EKB (Comité de la cultura vasca). También ha sido editor de las revistas Bat Soziolinguistika y Herria 2000 Eliza.^{[cita requerida]} En 1990, diseñó el proyecto de la Euskal Entziklopedia Orokorra (Enciclopedia General Vasca), bajo el auspicio de UZEI y la editorial Elkar.^[5]​

Ha formando parte de los grupos responsables de la creación de siete diccionarios temáticos (Religión, Derecho, Arte, Economía, Empresa, Política, y Ciencias Naturales) y cuenta en su haber la autoría de numerosas obras:^[6]​

• Fedearen Dinamika [trad.] (1972); Original: Paul Tillich, Dynamics of Faith (1957)
• Configuración eclesial de las culturas (1976)
• Gizakiari buruzko entseiua [trad.] (1995); Original: Ernst Cassirer, An Essay on Man (1944)
• Mendebaldetik 10 urtegarrenean (2006, Mendebalde) junto con Kaxildo Alkorta et al.^[7]​
• Poema Argitaragabeak [pub.] (2005), recopilación de poemas de Bitoriano Gandiaga.
• Eujenio Agirretxe (1920-2005) (2007, Bidegileak)
• Araozko kantuak eta kontuak: Bitoriano Gandiagak araoztarren ahotatik batuak [pub.] (2012) ISBN: 978-84-7240-242-3
• Karlos Santamaria gaiez gai (2013) junto con Xabier Apaolaza et al. ISBN: 978-84-95234-4-6

• 2018: Recibió la Medalla de Oro de Guipúzcoa junto con el Grupo Jakin (Joxe Azurmendi, Joseba Intxausti, Paulo Agirrebaltzategi y Joan Mari Torrealdai).^[8]​^[9]​^[10]​
• 2006: Ganador del premio Argizaiola de la Feria de Durango.^[11]​^[12]​