Nació en San Estanislao el 9 de agosto de 1929. Antes de su incorporación al ámbito policial, se desempeñaba como funcionario en el Ministerio de Educación y Culto. En 1968 fue designado por el entonces presidente Alfredo Stroessner como titular del Departamento de Investigaciones, con el objetivo de reestructurar dicho organismo y consolidarlo como núcleo central del sistema de seguridad interna del régimen.

Bajo su dirección, la sede del Departamento —ubicada en la intersección de las calles Presidente Franco y Chile, en Asunción— fue utilizada sistemáticamente como centro de detención, interrogatorio y represión de individuos considerados opositores políticos o ideológicos al gobierno. Diversos informes posteriores identifican este lugar como uno de los principales centros de comisión de prácticas que constituyen tratos crueles, inhumanos y degradantes, incluyendo tortura y ejecución extrajudicial.^[3]​

Durante su gestión se implementó un sistema de archivo con fichas individualizadas y se creó una división funcional del Departamento en secciones especializadas, con áreas enfocadas en actividades sindicales, estudiantiles, políticas y de frontera. La unidad de mayor jerarquía operativa era la Dirección de Política y Afines, liderada por Alberto Buenaventura Cantero. Esta dirección fue identificada en testimonios de exdetenidos como una de las responsables directas de la ejecución de técnicas represivas.

Coronel tenía bajo su mando el Departamento de Identificaciones, organismo encargado de la emisión de documentos de identidad, lo que le confería capacidad de control poblacional y un significativo margen de influencia institucional, así como acceso a recursos económicos provenientes de dicha dependencia.

Paralelamente a su rol institucional, Coronel desarrolló una línea de acción dentro del Partido Colorado, mediante la organización de grupos internos, particularmente provenientes de su localidad natal, a los que proveía de simbología e instrumentos de carácter intimidatorio en actos partidarios.

Tras el golpe de Estado del 3 de febrero de 1989, que derrocó a Stroessner, Pastor Coronel fue detenido y posteriormente condenado a 25 años de prisión por delitos relacionados con violaciones sistemáticas a los derechos humanos, incluidas torturas y asesinatos de detenidos políticos.^[4]​

La apertura de los denominados Archivos del Terror el 22 de diciembre de 1992, hallados en una sede policial en Lambaré, proporcionó evidencia documental sobre la planificación y ejecución sistemática de prácticas represivas durante la dictadura. Dicha documentación fue fundamental para la judicialización de múltiples casos, entre ellos los que involucraban directamente a Coronel.^[5]​

Falleció el 19 de septiembre de 2000 en el penal donde cumplía condena, como consecuencia de complicaciones derivadas de una obesidad mórbida y afecciones asociadas.^[6]​