La base de datos fue fundada en el año 2000 por la Fundación Nacional de Ciencias y el Consejo de Investigación Australiano (del inglés: Australian Research Council). Desde 2000 hasta 2012 ha sido la sede del National Center for Ecological Analysis and Synthesis,^[2]​ un centro interdisciplinar de investigación con la colaboración de la Universidad de California. Actualmente su sede se encuentra en la Universidad de Macquarie y es supervisada por un comité internacional formado por quienes más datos aportan a la base.

Esta es una lista no exhaustiva de los investigadores que contribuyen en el proyecto:

• Martin Aberhan, Museo de Historia Natural de Berlín
• John Alroy, Universidad de Macquarie
• Chris Beard, Museo Carnegie de Historia Natural
• Kay Behrensmeyer, Instituto Smithsoniano
• David Bottjer, Universidad del Sur de California
• Richard Butler, Bayerische Staatssammlung für Paläontologie und Geologie
• Matt Carrano, Instituto Smithsoniano
• Fabrizio Cecca, Universidad Pierre y Marie Curie
• Matthew Clapham, Universidad de California en Santa Cruz
• Bill DiMichele, Instituto Smithsoniano
• Michael Foote, Universidad de Chicago
• Austin Hendy, Instituto Smithsoniano de Investigaciones Tropicales
• Steve Holland, Universidad de Georgia
• Wolfgang Kiessling, Museo de Historia Natural de Berlín
• Charles Marshall, Universidad de California en Berkeley
• Alistair McGowan, Universidad de Glasgow
• Arnie Miller, Universidad de Cincinnati
• Johannes Müller, Museo de Historia Natural de Berlín
• Mark Patzkowsky, Universidad Estatal de Pensilvania
• Hermann Pfefferkorn, Universidad de Pensilvania
• Ashwini Srivastava, Instituto de Paleobotánica Birbal Sahni
• Alan Turner, Universidad John Moores
• Mark D. Uhen, Universidad George Mason
• Loïc Vilier, Universidad de Provenza
• Peter J. Wagner, Instituto Smithsoniano
• Xiaoming Wang, Museo de Historia Natural del Condado de Los Ángeles
• Robin Whatley, Instituto Smithsoniano
• Scott Wing, Instituto Smithsoniano

Esta es una lista no exhaustiva de las instituciones y organismos que contribuyen en el proyecto:

• All-Russian Geological Research Institute
• Geological Research Institute
• Bayerische Staatssammlung für Paläontologie und Geologie
• Universidad Benedictina
• Universidad de Binghamton
• Birbal Sahni Institute of Palaeobotany
• Museo Carnegie de Historia Natural
• Universidad Case de la Reserva Occidental
• Colby College
• College of William and Mary
• Denver Museum of Nature and Science
• Museo Field de Historia Natural
• Universidad George Mason
• Universidad de Harvard
• Museo de Historia Natural de Hungría
• Museo de Historia Natural de Berlín
• Centro Nacional para la Información Biotecnológica
• Museo de Historia Natural del Condado de Los Ángeles
• Universidad Estatal de Ohio
• Universidad Estatal de Pensilvania
• Universidad de Pensilvania
• Instituto Smithsoniano
• Instituto Smithsoniano de Investigaciones Tropicales
• Universidad de Provenza
• Universidad de California en Berkeley
• Universidad de California en Santa Cruz
• Universidad de Chicago
• Universidad de Cincinnati
• Universidad de la Florida
• Universidad de Georgia
• Universidad del Sur de California
• Universidad de Texas
• Universidad de Washington
• Universidad de Wisconsin-Madison
• Universidad de Wurzburgo
• Universidad Yale

• Fossilworks

• paleobiodb.org, el sitio web oficial de la Paleobiology Database (en inglés)
• Sección «preguntas frecuentes» (FAQ) de la Paleobiology Database (en inglés)
• Página de suscripción de la Paleobiology Database (en inglés)