Comenzó en categorías de base en el Villa Española, logrando ser el primer jugador en conseguir ser el artillero de un torneo juvenil en la institución. En esta etapa llegó a integrar la selección sub-17 de dicho país. Por sus logros personales en su club formador, consiguió llegar al Peñarol, club que compró su ficha. Después de 2 años formando el equipo de reserva de aquel equipo, consiguiendo un campeonato clausura (2005) y marcando goles importantes a su clásico rival Club Nacional de Football, Pablo Pereira llegó al primer equipo de dicha institución, lugar donde nunca consiguió lograr continuidad esperada.

Llegó a Palestino a fines de octubre de 2009, transferencia permitida ya que se acogió al artículo 16 del reglamento del torneo local, que permite fichar a un nuevo jugador, siempre y cuando tenga inscrito a un futbolista que se haya lesionado y quede inhabilitado para jugar por el resto del certamen, el cual era Alejandro Carrasco quien sufrió una grave lesión.^[1]​

En enero de 2011 se confirma su traspaso al Sport Recife brasileño.^[2]​ El entrenador del Recife es cesado en su cargo al poco tiempo de llegar Pereira, con lo que pierde posibilidades de jugar. A mitad de año pasa al equipo de Vitoria, que era dirigido por quien lo había hecho en Recife.^[3]​ En 2012 ficharía por el Centro Cultural y Deportivo El Tanque Sisley. En enero de 2013 se confirma su fichaje por Unión Temuco, club que juega en la Primera B de Chile.

• Ficha en fichajes.com
• Ficha en El.soccerway.com