La especie fue descrita inicialmente como Nymphaea lutea var. pumila por Joachim Christian Timm y publicada en Magazin für di Naturkunde und Oekonomie Mecklenburgs 2: 250, en 1795, actualmente es tanto un sinónimo como el basónimo de esta;^[2]​​ y ulteriormente sería elevada a especie y transferida al género Nuphar por Augustin Pyrame de Candolle en Regni Vegetabilis Systema Naturale 2: 61, en 1821.^[3]​

Véase: Nuphar

pumila: epíteto latino que significa "enana".^[4]​

Comprende 3 subespecies aceptadas:^[1]​

• Nuphar pumila subsp. oguraensis (Miki) Padgett, 1999
• Nuphar pumila subsp. pumila
• Nuphar pumila subsp. sinensis (Hand.-Mazz.) Padgett, 1999

Comprende 2 híbridos aceptados:

• Nuphar × saijoensis (Shimoda) Padgett y Shimoda, 2002
• Nuphar × spenneriana Gaudin, 1828

• Español: nenúfar amarillo enano, nenúfar amarillo pequeño, nenúfar enano, nenúfar pequeño.

1. ↑ ^{a b} «Nuphar pumila». Plants of the World Online (en inglés). Kew Science. Consultado el 4 de agosto de 2024. 
2. ↑ «Nymphaea lutea var. pumila». Tropicos.org. Missouri Botanical Garden (en inglés). Consultado el 4 de agosto de 2024. 
3. ↑ «Nuphar pumila». Tropicos.org. Missouri Botanical Garden (en inglés). Consultado el 4 de agosto de 2024. 
4. ↑ «pulchellus - purpureus». Dictionary of Botanical Epithets (en inglés). Consultado el 4 de agosto de 2024.