Clasificaciones más recientes incluyen Nodobacularia en la superfamilia Nubecularioidea.^[3]​

Nodobacularia incluye a las siguientes especies:^[4]​^[5]​^[6]​

• Nodobacularia bonairensis †
• Nodobacularia bulbifera †
• Nodobacularia compressa †
• Nodobacularia cylindriformis †
• Nodobacularia fusca †
• Nodobacularia gaultina †
• Nodobacularia guadalupensis †
• Nodobacularia irregularis †
• Nodobacularia kcyniensis †
• Nodobacularia laevigata †
• Nodobacularia lapidea †
• Nodobacularia millettii †
• Nodobacularia minima †
• Nodobacularia pacifica †
• Nodobacularia pustulosa †
• Nodobacularia pyriformis †
• Nodobacularia repens †
• Nodobacularia sageninaeformis †
• Nodobacularia tibia †
• Nodobacularia turbiformis †
• Nodobacularia vujisici †

Otras especies consideradas en Nodobacularia son:

• Nodobacularia antillarum †, aceptado como Cornuspiramia antillarum †
  • Nodobacularia antillarum var. pacifica †
• Nodobacularia diversa †, de posición genérica incierta
• Nodobacularia tibia †, considerado sinónimo posterior de Nodophthalmidium simplex †