Hacia el año 1600, el clan Tokugawa ha prohibido la práctica del cristianismo en Japón, temiendo una posible invasión cultural. Esta práctica desde entonces fue llevada en secreto liderada por el hijo de Dios, Amakusa Shirō. Su muerte es el objetivo de los Tokugawa, quienes envían al ninja Jubei Yagyu para asesinarlo. Pero según cuenta una leyenda, si alguien se interpone en el camino del hijo de Dios, reencarnará como Satanás para la destrucción total.^[2]​

• En Estados Unidos, la miniserie fue licenciada por ADV Films, quien decidió distribuirla con el nombre de Ninja Resurrection en 1998. Este cambio causó una ola de confusión entre los fanes del anime. En primer lugar, el proyecto tuvo problemas en el personal de producción y nunca se terminó después de que se completaron dos episodios. En segundo lugar y más importante, la mayoría de los espectadores consideraron que se intentó hacer creer que se trataba de una secuela de Ninja Scroll, ya que ambos títulos presentan un personaje principal llamado Jubei, diseños y el estilo de animación similares e incluso al logotipo del título se le dio un diseño similar. Los críticos vieron esto como un intento de ADV Films de sacar provecho de la popularidad de Ninja Scroll. Pese a esto, Ninja Resurrection vendió bien en DVD, presentando una historia interesante y desarrollo de personajes, acción violenta de terror, gore y episodios melodramáticos.

• En América Latina, Ninja Resurrection fue estrenado por el canal Locomotion en el año 2001, que también emitió para su señal de Iberia (España y Portugal).^[3]​ También fue distribuido en DVD por Videomax en México, con doblaje realizado en el mismo país bajo el nombre "Ninja Resurrection: La Película". Si bien existe doblaje en español neutro, Locomotion lo exhibió subtitulado.