Criada en la cantera del Anaitasuna navarro desde los 7 años.^[2]​ Baquedano desarrolla su juego en primera línea, en las posiciones de lateral izquierdo y central. Tiene una gran potencia física en la penetración y velocidad de pase.^[1]​

La primera línea ha sido una de las puntas de lanza de la cantera navarra, consiguiendo el bronce en la Fase Final Cadete Femenina de la 2021/22 o los tres quintos puestos consecutivos en las fases finales juveniles de 2021/22, 2022/23 y 2023/24. Baquedano también formó parte del equipo que logró el ascenso a la actual División de Honor Oro.^[3]​

En 2023 sufrió una grave lesión en su rodilla derecha, rompiéndose el ligamento cruzado anterior y el menisco. Se recuperó a tiempo para formar parte de la selección juvenil que participó en el Mundial de China en 2024.^[4]​ La temporada 2024/25 jugó con el equipo pamplonés en la División de Honor Oro. A finales de la 2024/25 se anunció su fichaje por el Aula Valladolid.^[5]​

Internacional con la selección promesas y la selección juvenil,^[6]​ fue miembro de la generación campeona del Mundo en 2024^[7]​ con Cristina Cabeza como entrenadora y dónde lucían la propia Baquedano además de otras grandes jugadoras como Belén Rodríguez, Udane Bernabé, Nayra Solís, Goundo Gassama o Marta Regordán.

En 2025 empezó a participar en las concentraciones júnior españolas a las órdenes de Joaquín Rocamora^[8]​ y forman parte del grupo de tecnificación de la Federación a las órdenes de Ambros Martín.^[9]​

• 1 x 01 !  Campeonato del Mundo Juvenil (China 2024)
• 1 x 01 !  Campeonato de Europa cadete (Suecia 2022)
• 1 x 01 !  Campeonato Women's Mediterranean Handball Confederation Championship (Nefelio 2023).^[10]​

1. ↑ ^{a b} «Quien es Naroa Baquedano: estilo de juego y breve biografía». balonmano.info. 11 de abril de 2025. Consultado el 8 de mayo de 2025. 
2. ↑ ^{a b} Anaitasuna, Helvetia (9 de abril de 2025). «Naroa Baquedano no continuará en Anaitasuna después de once temporadas en el club Balonmano Anaitasuna». Consultado el 10 de abril de 2025. 
3. ↑ Anaitasuna, Helvetia (9 de abril de 2025). «Naroa Baquedano no continuará en Anaitasuna después de once temporadas en el club | Balonmano Anaitasuna». Consultado el 8 de mayo de 2025. 
4. ↑ «NAROA BAQUEDANO MEZQUIRIZ - Career & Statistics | EHF». www.eurohandball.com (en inglés). Consultado el 8 de mayo de 2025. 
5. ↑ Equísoain Iraizoz, Beatriz (22 de marzo de 2025). «Naroa Baquedano dará el salto a la elite de la mano del Aula Valladolid». Diario de Noticias de Navarra. Consultado el 8 de mayo de 2025. 
6. ↑ «Ficha de NOMBRE:NAROA BAQUEDANO MEZQUIRIZ». Real Federación Española de Balonmano. Consultado el 8 de mayo de 2025. 
7. ↑ Iañez Aido, Jose María (26 de agosto de 2024). «Guerreras Juveniles Campeonas del Mundo China 2024». balonmano.info. Consultado el 8 de mayo de 2025. 
8. ↑ Iraizoz, Beatriz Equísoain (18 de febrero de 2025). «Naroa Baquedano, Kelly Fonkeng y Estitxu Rodríguez, de nuevo con la selección júnior». Diario de Noticias de Navarra. Consultado el 8 de mayo de 2025. 
9. ↑ Navarra, Diario de (4 de octubre de 2024). «Naroa Baquedano y Estitxu Rodríguez, dos campeonas del mundo a la selección». diariodenavarra.es. Consultado el 8 de mayo de 2025. 
10. ↑ Lagarda, Héctor (5 de marzo de 2023). «Campeonato Mediterráneo 2023». dbSportpress. Consultado el 8 de mayo de 2025.