Se convirtió en museo el 23 de febrero de 2001, con el propósito de alojar la historia del ferrocarril mexicano como parte de la historia del estado de Tlaxcala.^[2]​

Durante la Inauguración, se realizó una exposición a de 12 pinturas y 2 esculturas, realizadas por el artista José Luis Piedras Dorantes.

El museo cuenta con doce salas permanentes divididas en cinco áreas: Museo Ferrocarrilero, Museo Urbano-Religioso, Club de Leones de Apizaco, Museo Taurino y Biblioteca Pública.^[3]​ Ofrece el servicio de conferencias, concursos, biblioteca y audioteca, así como exposiciones de artes plásticas y visuales en sus tres salas permanentes.

Alberga varias colecciones que presentan la vida urbana y religiosa del estado, así como de la tauromaquia celebrada en la ciudad.^[4]​ Entre los elementos que destacan en su exhibición se encuentran: un cuadro donado por los señores Federico de la Gándara y Carlos González; el nombramiento original del primer presidente municipal de Apizaco; los planos originales de la Basílica de Nuestra Señora de la Misericordia, y el escudo de la ciudad diseñado por el maestro Cutberto Escalante en 1966.^[5]​