Los primeros indígenas que habitaron lo que actualmente se conoce como La Boquilla fueron los zacatecos, de filiación chichimeca, quienes practicaban la caza, la recolección y una agricultura incipiente en zonas de temporal; su patrón de asentamiento era disperso y de baja densidad.^[6]​

En 1591 llegaron familias tlaxcaltecas, trasladadas por el capitán mestizo Miguel Caldera, como parte de la política del virrey Luis de Velasco I destinada a pacificar y colonizar el norte del Virreinato de la Nueva España. Esta migración formó parte de la llamada “colonización tlaxcalteca del septentrión”, con asentamientos en diversas zonas de Zacatecas y el Reino de Nueva Vizcaya, incluyendo el valle del Mezquital.^[7]​^[8]​

La interacción entre zacatecos y tlaxcaltecas dio origen a un proceso de integración cultural y a un temprano impulso agrícola que facilitó la consolidación de los primeros asentamientos coloniales en San Miguel del Mezquital.^[9]​

Tras el descubrimiento de las minas de Zacatecas en 1546, los españoles emprendieron nuevas expediciones hacia el norte. Las noticias sobre vetas argentíferas y las leyendas de «siete ciudades» difundidas tras los relatos de Álvar Núñez Cabeza de Vaca (1534) incentivaron la exploración de territorios chichimecas, entre ellos los de los zacatecos.^[10]​

En 1554, Francisco de Ibarra, autorizado por el virrey Luis de Velasco I, encabezó una expedición acompañado de su tío Diego de Ibarra, de Juan de Tolosa y de varios capitanes, además de frailes franciscanos.^[11]​ El 29 de septiembre, festividad de San Miguel Arcángel, la expedición llegó al paraje de La Boquilla, lo nombró San Miguel y reconoció la cercanía de la Loma Alta, donde se localizaron vetas de plata y plomo; ello impulsó el establecimiento de un real de minas en la región.^[12]​

Los primeros españoles afincaron sus viviendas en el paraje conocido como Ojo de Agua, al noroeste del cañón de la Boquilla y al pie del cerro de la Mesa, conformando el Barrio de España.^[13]​ Para el último tercio del siglo XVI, el asentamiento creció y se consolidó como el Real y Minas de San Miguel, con base en la explotación minera de Loma Alta.^[14]​

Durante los siglos XVII y XVIII, San Miguel articuló una economía mixta: minería de pequeña y mediana escala, agricultura de temporal y ganadería extensiva para el abasto de los reales cercanos (Zacatecas, Sombrerete, Fresnillo).

Entre los primeros propietarios de las minas en San Miguel del Mezquital se encuentra Juan Álvarez de Luna, quien en 1591 vendió parte de sus posesiones a Pedro de Ahumada Sámano, funcionario ligado a la administración virreinal. En este documento de venta, se reconoce la temprana consolidación de la explotación minera en la región.^[15]​

Previamente, ya en 1562, el propio Ahumada había elevado una petición a la Corona solicitando mayor resguardo militar y el establecimiento de un presidio en San Miguel, con el fin de proteger a los colonos de los ataques chichimecas y garantizar la continuidad de la explotación minera y agrícola.^[16]​

En torno al real se consolidaron haciendas y estancias que abastecieron de maíz, trigo, carne, cebo, cueros y servicios de acarreo a los distritos mineros. Destacaron la hacienda de San Marcos (cuya casa grande corresponde al actual Portal Fernández), la hacienda de La Honda, vinculada al camino hacia Durango, y la hacienda de Juan Pérez, una de las mayores propiedades en el norte de la intendencia.^[17]​

Con las reformas borbónicas y la creación de la Intendencia de Zacatecas (1786), el asentamiento quedó adscrito al partido de Nieves, con cabecera en Santa María de las Nieves (hoy municipio de General Francisco R. Murguía). El partido ejercía funciones de justicia, milicias y hacienda sobre sus pueblos y reales —incluidos San Miguel del Mezquital y su entorno—, reforzando su integración administrativa con Sombrerete y Fresnillo.^[18]​^[19]​

Durante la independencia de México, los sectores populares ligados a las haciendas y a los reales de minas constituyeron la base social de los movimientos armados regionales. En 1824, el Real de San Miguel del Mezquital juró como municipio libre, separándose del esquema de partidos borbónicos (Nieves) y consolidando su autonomía civil.^[20]​

A lo largo del siglo XIX, el núcleo urbano incorporó construcciones civiles y religiosas de estilos dórico, barroco y neogótico —como el Portal Fernández (casa grande de la hacienda de San Marcos), el Portal Aguilera y la parroquia de San Miguel—, mientras la economía local siguió articulada por la minería comarcal y por la producción agroganadera de sus haciendas y ranchos.^[13]​

Durante la Revolución Mexicana, en 1911 se registró el intento por tomar la plaza de San Miguel del Mezquital, siendo el Sr. Everardo Núñez quien, acompañado por un grupo de hombres armados, organizó la defensa frente al 11.º regimiento militar al mando del capitán Villaseñor. Ese mismo año varios militares realizaron una visita de cortesía a la Presidencia Municipal, entre ellos Don Luis Moya, el general Pánfilo Natera, Manuel Caloca y Pedro Luna. Fue uno de los últimos actos de Don Luis Moya, ya que posteriormente sería asesinado por Pablo Méndez en 1912. En ese mismo año, San Miguel fue saqueado durante un ataque de las fuerzas orozquistas, al mando de Méndez, quien además destruyó los archivos municipales incendiándolos.

Siendo presidente municipal el Sr. Rodolfo Fernández, nuevamente se originó un combate el 30 de mayo de 1913, cuando más de 1600 hombres de caballería lograron apoderarse de la plaza. La defensa fue encabezada por el comandante de la guarnición, coronel F. Rivero, al frente de 45 hombres y otros vecinos. A pesar de sus esfuerzos, la resistencia fue infructuosa. Copados por el enemigo, el coronel Santiago F. Rivero y algunos sobrevivientes lograron romper el cerco y buscar ayuda con el general de división Cándido Aguilar (posteriormente Secretario de Marina), quien llegó en persecución del general Benjamín Argumedo, aunque este ya había abandonado la población.

En 1916, bajo la presidencia del Sr. Manuel Canales, y ante la gran agitación e inseguridad provocada por gavillas de bandoleros y rebeldes revolucionarios, se creó el grupo de autodefensa denominado Defensa Social, dirigido por el Sr. Margarito García, el cual logró restablecer una paz relativa en la región.

En 1917, con base en el artículo XXVII de la Constitución de ese año, se inició el movimiento de dotación de tierras a los campesinos. Dicho movimiento fue impulsado por el Sr. Juan Salas Fernández, Guadalupe Ruelas Guevara, Miguel Rivas Cenceñas, Ramón Padilla, Nicolás Alba, Arcadio Estevané, Juan Devora, Antonio Ruelas y Blas Bocardo. Aunque en un inicio fue olvidado, resurgió posteriormente con Blas Bocardo y Edmundo Sánchez Estrada, quienes obtuvieron éxito el 25 de febrero de 1922, cuando el gobernador constitucional de Zacatecas, Donato Moreno, envió una comisión para entregar tierras a los campesinos. La comisión estuvo integrada por el ingeniero Julián Adame (constituyente de Querétaro), el Ing. Carlos Soto, Juan García de la Cadena, Esteban Ramírez y Celestino Castro, entre otros.

En el primer intento por repartir las tierras, los hacendados consiguieron un amparo. Sin embargo, en el segundo intento, encabezado por el general Enrique Estrada, lo primero que se hizo fue cortar la línea de telégrafos, dejando incomunicados a los hacendados y cumpliéndose así con lo dispuesto en el artículo XXVII. A pesar de ello, los conflictos continuaron debido a que el presidente municipal, Don Rómulo Estevané, mostraba abierta simpatía por los hacendados, lo que incluso llevó a enfrentamientos armados para desalojarlo de la Presidencia Municipal. En su lugar fue designado Don Cipriano Triana, quien no fue reconocido por las autoridades estatales. Ocho días después, un contingente de 400 soldados al mando del coronel Posadas detuvo a Edmundo Sánchez Estrada, Cipriano Triana, Blas Bocardo y Camilo Cassio, cuando se encontraban en la tienda "El Puerto de Veracruz" propiedad del Sr. Donaciano González. Los detenidos fueron trasladados a la ciudad de Río Grande, Zacatecas, y posteriormente liberados, tras lo cual regresaron a San Miguel del Mezquital para continuar el movimiento de reparto de tierras y la oposición al presidente municipal, quien finalmente fue obligado a renunciar, siendo sustituido por el regidor Esteban Padilla.

En 1924 asumió la presidencia municipal el Sr. Antonio Ruelas Guevara, con quien el artículo XXVII comenzó a hacerse realidad en el municipio.

El movimiento antirreligioso del presidente de México, Plutarco Elías Calles, tuvo impacto en San Miguel del Mezquital. En 1935 se ordenó el cierre de los centros religiosos, lo que provocó que un grupo de amas de casa acudiera a la presidencia municipal para exigir la devolución de las llaves de la parroquia, hecho que consiguieron. En esa época fueron encarcelados Pedro Torres Ávila, presidente de la Vela Perpetua, y Alfonso Núñez González, presidente de la Acción Católica. Ante estos sucesos, el cura Trinidad Nájera (que previamente había huido a la ciudad de Durango) designó como jefe de los cristeros a Lorenzo Triana Rivera, quien junto con Catarino Salas Salas y Álvaro Espino Salas organizó una partida de unos 400 hombres que se levantarían en armas contra el Gobierno Federal.

El 12 de marzo de 1935, los cristeros se congregaron en el río de Santiago, en un paraje conocido como "La cueva del mono", para recibir la bendición del cura Trinidad Nájera antes de partir hacia San Miguel del Mezquital; sin embargo, no lograron tomar la plaza.

Ese mismo año, por decreto presidencial de Plutarco Elías Calles, se gestionó el cambio de nombre de la población de San Miguel del Mezquital por el de Miguel Auza.

En 1942 se realizó el último asalto a la plaza de Miguel Auza. El 27 de noviembre, al mediodía, un grupo de 300 personas se confundió entre el bullicio de la gente a la salida de misa. De entre sus cobijas sacaron pistolas, rifles máuser y carabinas 30-30 para protestar contra la nueva disposición del Gobierno Federal sobre el servicio militar obligatorio. Este grupo obtuvo importantes triunfos inmediatos; sin embargo, conforme avanzó el combate, sus huestes fueron diezmadas drásticamente, hasta que se vieron obligados a huir en desbandada.

Desde la época virreinal se cuenta con padrones que permiten reconstruir la evolución de la población local. En 1803, un recuento levantado en la jurisdicción de San Miguel del Mezquital registraba 3,236 habitantes, concentrados en la cabecera y en haciendas circundantes como San Marcos, Juan Pérez, La Honda y Santa Ana. La mayoría de la población estaba conformada por mulatos (más del 40%), seguidos por indios (38%), mestizos (14%) y un reducido número de españoles (cerca del 6%).^[21]​

Tres décadas después, el Mapa del Distrito de Nieves de 1836 consignó una población de 6,064 habitantes en San Miguel del Mezquital, dentro de un total distrital de 19,451, lo que colocaba a la cabecera en igualdad demográfica con Río Grande (6,070) y Santa María de las Nieves (7,317).^[22]​

Durante el siglo XX, la población mantuvo un crecimiento sostenido vinculado a la expansión agrícola y ganadera. En 1803 se registraron 3,236 habitantes en la jurisdicción de San Miguel del Mezquital. Para 1836, el *Mapa del Distrito de Nieves* consignaba 6,064 habitantes en la cabecera. En 1900, el municipio reportaba 7,891 habitantes, cifra que ascendió a 12,604 en 1950. Para 2020, la población municipal alcanzó los 23,713 habitantes, de acuerdo con el INEGI.

Un cambio demográfico relevante ocurrió en 1964, cuando llegaron las primeras familias menonitas procedentes de Chihuahua y Durango. Se asentaron principalmente en la hacienda de La Honda, donde fundaron campos agrícolas de cultivo y ganadería lechera. En la actualidad, la población menonita en Miguel Auza se estima entre **4,000 y 5,000 habitantes**, distribuidos en más de 20 campos, lo que convierte a este grupo en un componente destacado de la diversidad cultural y económica del municipio.^[27]​

El territorio del municipio se encuentra a una altitud promedio de entre 1,800 y 2,600 metros sobre el nivel del mar, alcanzando su punto más alto en la Sierra de Santa María con aproximadamente 2,554 m, mientras que la cabecera municipal se ubica alrededor de los 2,020 m s. n. m.^[28]​^[29]​

Al sur destacan la cordillera de la Meza y la Cantera, así como la cordillera de la Tranquileña y los cerros de Tepozán, Casas Grandes, San Nicolás, El Chivo y el Espinazo del Diablo. Hacia el norte se encuentran las sierras de San Vicente, Los Lobos y la de Alvarado; al sur los cerros Los Fierros, El Boyero, de las Botas Prietas y La Parida; al sureste el cerro de El Tunalillo; al oriente los cerros del Colegio, Mesa Gigante, El Epazote y la Sierra de Santa María (perteneciente a la Sierra Madre Occidental), que marca el límite con Durango. Al noroeste se localiza la Loma Alta o Calvario.

El municipio es atravesado por el río Santiago, que procede de la Sierra de Santa María y recibe las corrientes de arroyos como Santa Ana, La Plata y Derramadero. En la Boquilla existe una presa homónima, mientras que la presa de Santiago constituye la más importante por su capacidad de riego agrícola y por la práctica de pesca de tilapia y carpa.^[30]​

El clima del municipio es semiseco templado, con una temperatura media anual entre 12 y 18 °C. Durante los meses más fríos se registran heladas y ocasionales nevadas, con mínimas bajo cero.

La precipitación anual oscila entre 400 y 700 mm, concentrada en los meses de verano (junio a septiembre). La humedad relativa media anual es cercana al 50 %.^[30]​^[31]​ Los vientos dominantes provienen del noroeste en primavera y verano, y del norte en otoño e invierno; su velocidad promedio anual es de 8 km/h.^[30]​

La vegetación corresponde a matorral y pastizales semidesérticos, predominando especies como nopal, mezquite, huizache, maguey, gatuño, gobernadora, palma y pastos de agostadero.^[30]​

La fauna silvestre incluye venado cola blanca, jabalí, conejo, liebre, coyote, zorro gris, ardilla, así como aves como águila, halcón, gorrión, paloma y codorniz.^[30]​

El subsuelo de Miguel Auza contiene yacimientos de sulfuros polimetálicos de tipo epitermal con presencia de plata (Ag), oro (Au), plomo (Pb) y zinc (Zn).^[32]​ Además, la región posee canteras de piedra rosa y blanca utilizadas en la construcción y ornamento arquitectónico.^[33]​

La minería fue el motivo principal de la fundación del municipio. Sin embargo, gran parte de los archivos históricos municipales se perdieron durante la Revolución Mexicana, lo que dificulta conocer con detalle la actividad minera en sus primeros siglos.^[8]​

A inicios del siglo XIX, varias compañías extranjeras —entre ellas norteamericanas como la de Enrique Guingaft— trabajaban las minas locales, aprovechando la riqueza argentífera de la región.^[34]​

A principios de la década de 1920, un ingeniero de minas estadounidense, Robert Foster, llegó al área desde la estación de tren de Catalinas (hoy Ignacio Allende, municipio de Guadalupe Victoria, Durango), describiendo un trayecto de 55 km que realizaba en poco más de dos horas en un Ford de la época.

El área de Miguel Auza ya había sido explotada por más de cuatro siglos cuando llegó la empresa canadiense Silver Eagle Mines (SEG-T). Los primeros registros escritos de producción de plata datan de la década de 1560, aunque se presume que los pueblos originarios ya conocían y explotaban las vetas.^[35]​

Durante la segunda mitad del siglo XIX hubo minería activa, con minerales enviados directamente a la American Smelting and Refining Co. (posteriormente Asarco) en Monterrey, o bien tratados en patios de beneficio mediante amalgamación. Sin embargo, las minas no se trabajaban más allá del nivel freático por limitaciones técnicas: los sulfuros no podían procesarse y los sistemas manuales de bombeo eran insuficientes.

Con la Revolución Mexicana muchas instalaciones fueron destruidas. El informe de Foster de 1921 señalaba que, salvo cuatro calderas, «toda la demás maquinaria fue destruida durante la Revolución». Tras ello, las minas permanecieron inactivas durante décadas por falta de capital.

En 1966, el empresario local Alejandro Gaitán reabrió antiguos trabajos en pequeña escala, extrayendo mineral de alta ley enviado a fundiciones. La operación cesó a principios de los años 70. Posteriormente, Javier Martínez Lomas intentó operar con una planta propia a inicios de los 80, pero cerró pocos años después.

A finales del siglo XX, Michael Neumann —ingeniero de minas de ascendencia canadiense— y el ingeniero Javier Aguirre Sánchez adquirieron las concesiones de las familias Gaitán y Martínez, conformando AJ Resources junto con los hermanos Terrence y Kenneth Byberg. Tras varios años de trabajo privado, la empresa salió al mercado en 2006 bajo el nombre de Silver Eagle Mines. Los muestreos de la época arrojaron leyes excepcionales, con plata entre 1,200 y 2,900 gramos por tonelada, además de plomo y zinc en porcentajes superiores al 10%.^[36]​

La propiedad minera Miguel Auza abarca 41,498 hectáreas en el flanco oriental del distrito minero de Fresnillo, a unos 150-200 km al norte de la ciudad de Zacatecas. Se trata de una zona con abundantes vetas epitermales portadoras de plata, plomo, zinc y oro.

En 2008, Silver Eagle Mines, a través de su subsidiaria en México, realizó explotación y tratamiento en el sistema de la veta Calvario. Posteriormente, el proyecto pasó a manos de Excellon Resources, empresa canadiense con operaciones en varios distritos de plata en México.^[37]​

La festividad más importante del municipio es la dedicada a San Miguel Arcángel, celebrada cada año el 29 de septiembre. Durante esta fecha se llevan a cabo celebraciones religiosas en honor al santo patrono de la cabecera municipal, acompañadas de actividades sociales y culturales. La fiesta reúne tanto a los habitantes locales como a migrantes que retornan en estas fechas, siendo considerada la celebración principal de Miguel Auza.^[38]​

• San Luis Batis Sáinz; fue un mártir y párroco durante la Guerra Cristera
• Gral. de Brigada Martín Triana; fue un militar que participó en Revolución Mexicana
• Gral. Diniosio Triana; fue un militar que participó en Revolución Mexicana
• Enrique Alférez; escultor.

Según el Censo de Población y Vivienda 2020, el municipio de Miguel Auza cuenta con **23,713 habitantes**. A continuación se listan sus localidades más relevantes, incluyendo la cabecera municipal y los campos menonitas establecidos en la región de La Honda desde 1964:

^[26]​ ^[39]​

• La población menonita total asciende a más de 4,000 habitantes distribuidos en más de veinte campos localizados principalmente en la comunidad de La Honda desde 1964.