Su extensión territorial es de 107,2 km².

La mayor parte del territorio del municipio se compone de zonas semiplanas, encontrándose en algunas partes zonas accidentadas y en una mínima extensión terrenos planos.

La red hidrológica está integrada por el río de la Sierra y por los Arroyos Blanco, Jana, El Caracol, El Azufre, El Estanque, La Laja, El Pino y Arroyo Grande.

El clima en el municipio es cálido húmedo, con lluvias todo el año. Las precipitaciones medias anuales son de 3,000 milímetros anuales.

La vegetación en el municipio es de selva alta y su flora está compuesta por una gran variedad de especies siendo las más importantes las siguientes: chite, mirasol, jopi, palo de danta, hule, aguajpo, caoba, amate, cedro, ceiba, chicozapote, guarumbo y jimba.

La fauna del municipio está compuesta por una gran variedad de especies de las cuales sobresalen las siguientes: boa, coral, iguana de ribera, tortuga plana, tortuga cocodrilo, zopilote rey, armadillo, jabalí, mapache, murciélago, puerco espín, senso, tejón y venado cabrío.

El municipio está constituido, geológicamente, por terreno paleoceno, terciario y cretácico superior. El tipo de suelo predominante es nitosol. Su principal uso es pecuario y selva, correspondiendo el 97% de su terreno a propiedad privada y el resto a terrenos ejidales.

El municipio cuenta con el Templo de Santo Tomás, el cual fue construido en el año de 1650 y está casi en ruinas.

La celebración más importante en el municipio son las fiestas de Santo Tomás de Aquino. Tradicionalmente se celebra también la Semana Santa, el Día de Muertos, Navidad y Año Nuevo.

En el municipio se elaboran muebles de madera, herrería y ropa, canastos de bejuco y abanicos de palma.

Los principales atractivos turísticos son: los paisajes fluviales, el río de la Sierra, las ruinas de una iglesia colonial en la cabecera municipal.

En la época prehispánica, el territorio del actual municipio de Ixtapangajoya fue poblado por individuos del grupo Zoque. A la llegada de los españoles existía un camino que atravesaba el Municipio y que comunicaba al pueblo de Copainalá con Tabasco. Durante la conquista fue uno de los pueblos que se rebelaron en contra del conquistador Luis Marín (1524)El pueblo colonial de Ixtapangajoya se fundó a raíz de la real cédula que expidió la corona española en 1540, por medio de la cual se ordenaba la concentración de los indígenas en pueblos. En 1772, aparece como tributario de la "Real Hazienda y Caxa de la ciudad de Santhiago de Goathemala". En 1778, contaba con una población de 110 habitantes. En 1910, se creó el departamento de Pichucalco, al cual pasó a pertenecer al Municipio. El 23 de febrero de 1944, el Gobernador del Estado, Rafael Pascacio Gamboa, promulgó el decreto que elevó a Ixtapangajoya a Municipio de segunda categoría.

• 1743 Se clarifican y definen los límites entre las provincias de Chiapas y tabasco, quedando el primer pueblo de Ixtapangajoya en Chiapas y el segundo en Tabasco.
• 1774 Están dentro de la provincia de zoques, guardianía y coronas como un anexo del pueblo de Ixtacomitán.
• 1778 Figura en las listas de la "real hazienda y caxa de la ciudad de Santhiago de Goathemala" como parte integrante de la alcaldía mayor de ciudad real de Chiapa de la Capitanía General de Guatemala. en el censo de población de ese año aparece con 110 habitantes.
• 1905 El pueblo de Ixtapangajoya ya tenía 1,371 habitantes.
• 1910 Se crea el departamento de Pichucalco pasando a depender de este.
• 1915 Desaparecen las jefaturas políticas y se crean 59 municipios libres, siendo este una delegación del municipio de Solosuchiapa.
• 1944 El 23 de febrero el Dr. Rafael Pascacio Gamboa, Gobernador del Estado, mediante decreto expedido por el H. Congreso del Estado la eleva a municipio de segunda, por tener ya una cabecera municipal semiurbana.
• 1983 Para efectos del sistema de planeación se les ubica en la región V Norte.