Muhammad Mirza fue declarado por Abu'l Fazl como hijo de Miran Shah por su esposa, Mihr Nush, de la tribu Qiya (Acero) de los Fulad.^[1]​

El orientalista Henry Beveridge afirma que, si bien no conoce a la tribu Fulad Qiya, el hecho de que Muhammad Mirza se describa como siempre viviendo con su hermano Khalil Sultan sugiere que los dos eran probablemente hermanos completos.^[2]​ Esto implicaría que 'Mihr Nush' era un nombre alternativo para la madre de Khalil Sultan, Khanzada Begum, la hija de Aq Sufi Qunqirat de Corasmia y nieta de Jani Beg, Khan de la Horda de Oro.^[3]​

Muhammad Mirza fue en algún momento nombrado gobernador de Samarcanda y se casó con Shah Islam, hija de Suhrab Kurd. Era pariente de Izz al-din Shir, el gobernante kurdo de Hakkâri y un antiguo adversario de Timur.^[4]​^[5]​^[6]​ Por este matrimonio tuvo dos hijos: Manuchihr Mirza (fallecido en 1468) y Abu-Saïd.^[5]​

La fecha de la muerte de Muhammad Mirza no esta registrada.^[7]​ El Zafarnama no incluye su nombre entre los treinta y seis hijos y nietos de Timur que estaban vivos a partir de 807 Hijri (1404-1405).^[8]​ Esto, junto con el hecho de que Clavijo no lo mencionó durante su visita a la corte de Timur en 1404, llevó a Henry Beveridge a la teoría de que Muhammad Mirza ya había muerto para este punto, antes de su padre y abuelo.^[9]​ Sin embargo, esto contradice que vivía con Khalil Sultan en 1410, durante el reinado de su tío Shah Rukh.^[3]​

Durante su enfermedad fatal, Muhammad Mirza fue visitado por su primo Ulugh Beg, con quien había compartido una relación cercana. El príncipe moribundo confió a Ulugh Beg la tutela de su hijo Abu Sa'id Mirza, quien fue criado bajo su cuidado.^[2]​