Fernando III cedió a los benedictinos el terreno en el que se había colocado su tienda de campaña durante la Reconquista de Sevilla, en 1248.^[1]​ Estos frailes provenían del Monasterio de Santo Domingo de Silos.^[1]​ En 1259 Alfonso X solicitó al abad del monasterio de Santo Domingo que le indicase la ubicación del monasterio y el perímetro que abarcaba, un terreno ubicado a las afueras de la puerta de la Carmona. En esa zona había una antigua mezquita que, a su vez, se encontraba donde estuvo el Monasterio de San Cristóbal o Santa María, de la época visigoda. Según la leyenda, el abad y los monjes fueron ejecutados por los invasores musulmanes en el siglo VIII.^[2]​ Este monasterio tuvo el título de Santa María (tal vez porque este fue el nombre del monasterio de esa leyenda) y Santo Domingo de Silos.^[3]​

En 1431 se fundó aquí la Cofradía de Nuestro Padre Jesús del Gran Poder y María Santísima del Mayor Dolor y Traspaso. A finales del siglo XV se trasladó al Monasterio de Santiago de la Espada y 1544 se trasladó al Convento de Nuestra Señora del Valle.^[4]​

En 1725 se fundó aquí la Hermandad de Nuestra Señora de Valvanera, con riojanos, para darle culto a la patrona de esa región. En 1856 se trasladó a la Iglesia de San Alberto.^[5]​ En 1883 se fundó en la Iglesia de San Benito la Hermandad de Nuestra Señora de Valvanera de mujeres, creándose otra de hombres con la misma titular en 1904.^[5]​

En 1517 el monasterio se desligó de la rama benedictina de Silos y se adhirió a la congregación benedictina fundada en Valladolid en 1390.^[3]​ En el siglo XVI cambió su nombre por el de San Benito a instancia de la devota Leonor de Figueroa Ponce de León. En 1555 le legó todo su patrimonio, a cambio de lo cual tuvo en la iglesia una capilla para sepultura de ella y sus descendientes.^[6]​

En 1601 la iglesia se derrumbó. Los monjes lo achacaron al mal estado del terreno y se trasladaron en 1602 a unas casas intramuros. No obstante, al par de años los frailes, que vivían en una mayor pobreza en su nueva sede, decidieron regresar a su tradicional emplazamiento.^[7]​ En 1610 se empezó a reconstruir el nuevo templo, que es la actual Iglesia de San Benito.^[8]​

En 1613 se trasladó aquí el cuerpo de Esteban, uno de los mártires cristianos de Córdoba del año 834, desde el monasterio de San Pedro de Cardeña.^[9]​

Con la invasión francesa de la ciudad en 1810 el monasterio fue usado como cuartel para las tropas y saqueado. La caja con los restos del mártir Esteban fue trasladada a la Iglesia de San Roque, aunque vacía.^[10]​ Los benedictinos regresaron al mismo en 1815 y tuvieron que invertir sus escasos recursos en la reparación del inmueble.^[4]​ Fue desamortizado en 1835.

Se conserva la iglesia, que sirve de parroquia. Donde estuvo el convento se construyó una residencia de ancianos de las Hermanas de los Pobres.^[11]​

• Matilde Fernández Rojas (2008). Patrimonio artístico de los conventos masculinos desamortizados en Sevilla durante el siglo XIX. Benedictinos, dominicos, agustinos, carmelitas y basilios. Secretariado de Publicaciones de la Diputación de Sevilla. ISBN 978-84-7798 259-3.