En el paraje conocido como el Molar se han encontrado restos que podrían ser del ii milenio a. C..^[2]​

Hacia mediados del siglo XIX, el lugar, por entonces con ayuntamiento propio, tenía contabilizada una población de 69 habitantes.^[3]​ La localidad aparece descrita en el decimoprimer volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz de la siguiente manera:

MOJARES:l. con ayunt. en la prov. de Guadalajara (12 1/2 leg.), part. jud. y dióc. de Sigüenza (1 1/2), aud. terr. de Madrid (22 1/2): sit. en terreno quebrado con buena ventilacion en particular por N. y S., las enfermedades mas comunes, son fiebres intermitentes, catarrales y pulmonias: tiene 12 casas, la consistorial, que sirve de cárcel; escuela de instruccion primaria frecuentada por 3 alumnos, á cargo de un maestro que percibe una mezquina dotacion; una fuente de agua salobre; una igl. parr. (San Cristóbal) aneja de la de Alcuneza. term.: confina N. La Ventosa; E. Horna; S. Guijosa, y O. Alcuneza; dentro de él se encuentra una fuente de buena agua: el terreno fertilizado por el r. Henares, es de buena calidad; comprende dos pequeños montes, uno de encina y otro de roble. caminos: los de herradura que conducen á los pueblos limítrofes y el de carruage de Sigüenza á Soria. correo: se recibe y despacha en la cab. del part., á donde los interesados acuden á recogerlo. prod.: trigo puo, mezcladizo, cebada, avena, garbanzos, guisantes, lenlejas, yeros, judias, patatas, algo de cáñamo, leñas de combustible y yerbas de pasto, con las que se mantiene ganado lanar, vacuno, mular, asnal y de cerda; abunda la caza de conejos, liebres, perdices y en su tiempo codornices; en el Henares se pescan anguilas, cangrejos y peces pequeños. ind.: la agrícola y recria de ganado y lana, é importacion de los art. de consumo que faltan. pobl.: 16 vec., 69 alm. cap. prod.: 280,625 rs. imp.: 22,450. contr.: 1,548. presupuesto municipal: 300, se cubre por reparto vecinal.

(Madoz, 1848, p. 454)

• Madoz, Pascual (1848). «Mojares». Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar XI. Madrid. Wikidata Q115624375.