La aparición de milicias en la Comuna 13 de Medellín se remontan en los años 80´s, cuando grupos de milicianos como las Milicias Populares del Valle de Aburrá, Milicias Metropolitanas, o las Milicias Populares del Pueblo y para el Pueblo, bajo la fachada de ser grupos de autodefensa asesinaban delincuentes y drogadictos, esto con el pretexto de "limpiar las calles" o ejecutar limpieza social de la zona. También en varias zonas de la ciudad el Movimiento 19 de abril llegó a tener campamentos de reclutamiento, con la función de tener una base social.^[4]​^[5]​ En varios barrios de Medellín se registraron ataques armados realizados por Escuadrones de la Muerte, el ELN y otras Milicias, sin embargo la mayoría de los delitos no se les dio seguimiento y ni siquiera se pudo establecer al grupo responsable o a los autores.^[6]​^[4]​

Para principios de los años 90´s estas milicias perdieron a gran parte de sus líderes, así como parte de apoyo de la población debido a sus actividades de robo, extorsión y narcotráfico en los barrios, inclusive el asesinato de líderes sindicales o estudiantes.^[7]​^[8]​^[4]​ Bajo esta situación en 1994, en una de las canchas de la Comuna 1650 milicianos de la zona nororiental entregaron sus armas, iniciando así un proceso de desmovilización.^[9]​^[10]​^[1]​ En el caso de las Milicias 6 y 7 de Noviembre, inicio siendo parte de las Milicias Populares del Valle de Aburrá (MPVA), una de las principales en Medellín, después de la desmovilización de las MPVA, las milicias 6 y 7 de noviembre siguieron la lucha armada.^[11]​

Para finales de 1998 las milicias 6 y 7 de noviembre empezaron a buscar un acercamiento con las autoridades para un posible desarme.^[1]​^[2]​ Inclusive algunos voceros encarcelados en ELN llegaron a enviar una carta para pedirles que el movimiento miliciano sea tenido en cuenta en la convención nacional del 13 de febrero.^[12]​^[3]​ En una entrevista brindada por el Comandante Hugo, menciona que este proyecto de milicia nació para darle "un sentido más político" al movimiento, así como atender las necesidades de la población.^[13]​