El trabajo de Vences se centra en los anfibios y reptiles de Madagascar. Trabaja junto con Frank Glaw en muchas descripciones de especies taxonómicas. Juntos han descrito más de 200 nuevas especies de ranas y numerosas especies nuevas de serpientes, camaleones y otros reptiles. En 1992, elaboraron una guía de campo de los reptiles y anfibios de Madagascar. En 1994 produjeron una segunda edición de esta guía, que incluía las descripciones de numerosos taxones nuevos, y una sección de reptiles significativamente ampliada. En 2007, se publicó una tercera edición que no describía ninguna especie nueva, pero incluía fotografías en color y descripciones breves de más de 100 especies sin nombre.

En los últimos años, Vences ha sido coautor de varias publicaciones sobre una amplia gama de temas, que incluyen biogeografía, enfermedades de los anfibios, microbiomas asociados a anfibios, genética de poblaciones, evolución y especiación, y taxonomía.^[2]​^[3]​

• Taxones descritos por Miguel Vences