Nació en una familia de marinos originaria de Róterdam que había abjurado del protestantismo. Su padre, Jan Jacobsen, que falleció cuando Michel tenía tres años, había sido un notable corsario a las órdenes de los Austrias.^[1]​ Michel comenzó su andadura para armadores privados en 1582, y tres años después era capitán en una flota corsaria de filibotes armada por el tesorero de la ciudad. En enero de 1587 capitaneaba el navío Chien o La Mouette. Participó en la frustrada Armada Invencible, en la que fue piloto,^[1]​ y cuyos restos ayudó a traer de vuelta a España.^[2]​

Jacobsen reaparece poco años después, en 1595, como corsario al mando del buque Lévrier con el patrocinio de la también familia corsaria de Jacques van der Walle. Hostigó con vigor a las marinas inglesas y holandesas, los segundos de los cuales le apodaron el Zorro de los Mares (Le renard des mers o de la mer en francés, de Vos der zeeën en neerlandés) por su habilidad para aparecer en cualquier punto del mapa, destruir sus barcos y desaparecer.^[1]​

En julio de 1600, Michel y su hermano Mathieu quedaron directamente al servicio de los gobernadores de los Países Bajos españoles, Isabel Clara Eugenia y el archiduque Alberto de Austria, cuyo almirante Charles d'Arenberg les contrató para devastar la industria pesquera neerlandesa, lo cual hicieron a conciencia.^[1]​ Formó parte de la reorganizada Armada de Flandes en 1602, sirviendo en uno de los cinco navíos personales del vicealmirante Adrien Diericksen,^[1]​ que murió al año siguiente, y pasó entonces al servicio de Willem Janssen, otro superviviente de la Armada Invencible que desde entonces organizaba el corso por iniciativa de Alejandro Farnesio.^[3]​

En 1604, a pesar de la nueva neutralidad de los ingleses, éstos requisaron dos navíos pertenecientes a Jacobsen, el Santa María y el Santa Clara, después de haber recalado en Portsmouth por una tormenta, por lo que Jacobsen los suplió armando pequeños y escurridizos barcos de diez toneladas para las campañas de 1604 y 1605.^[1]​ Con su creciente éxito, en 1609 era uno de los siete mayores capitanes al servicio de los archiduques y de su general, Ambrosio Spínola,^[1]​ y comandaba ya el mismo Jacobsen una flota de once barcos recién botados. La tregua de los doce años no empañó sus servicios, y en 1621 volvió a la actividad con prestaza. Tres años después recibía la Orden de Santiago de manos del rey Felipe IV.^[1]​

En 1627, acostumbrado ya a eludir los bloqueos neerlandeses, Jacobsen descendió hasta España con su flota para proveerse de marinos vascos en Pasajes, Guipúzcoa, tras lo que salió en una expedición a Groenlandia, donde los pesqueros holandeses e ingleses hacían pesca de arrastre. El dunkerqués llegó a sus aguas en mayo, hundió alrededor de 50 buques antes de regresar a Dunkerque por la ruta norte alrededor de las islas británicas. Junto con otra expedición dunkerquesa que estragó una flota militar y mercante en las islas Shetlands, la armada de Flandes acabó el año habiendo devastado el comercio protestante sin haber perdido un solo barco.^[4]​

En otra de sus mayores correrías, Jacobsen logró pasar una flota de transporte de hombres, petrechos y dinero por el cerco marítimo holandés en 1631, con ayuda del almirante español de la Armada de Flandes, el conocido Francisco de Ribera.^[5]​ Hecha la misión, Ribera y Jacobsen llevaron a cabo varias campañas de corso y volvieron a aniquilar la flota pesquera holandesa. El año siguiente repitió la hazaña, escoltando un convoy con 4000 hombres, incrementando el prestigio de un corso dunkerqués en su apogeo.^[3]​

En 1633, Jacobsen navegaba hacia España con tres galeones cuando se topó con una docena de buques otomanos, a los que derrotó y puso en fuga.^[3]​ Sin embargo, días después moría de fiebres en Sanlúcar de Barrameda a la respetable edad de 72 años, haciéndose cargo de sus galeones Fermín de Ochoa.^[5]​ Una leyenda flamenca dice que se le enterró en la catedral de Sevilla, junto a Cristóbal Colón y Hernán Cortés, aunque no es cosa probada.^[6]​^[7]​

Dejó diez hijos con Laurence Weus, hija del también famoso corsario dunkerqués Cornelis Weus. Entre ellos se hallaron corsarios como Charles Jacobsen, ascendido a capitán el año siguiente por recomendación de Jacob Collaert,^[5]​ y Jan Jacobsen, quien también tuvo una carrera como corsario, además de Antoine y Francois Jacobsen.^[3]​ Una de sus hijas, Agnes Jacobsen, casó con Michel Bart y sería abuela de Jean Bart,^[3]​ quien se convertiría en gran almirante para franceses y holandeses cuando Dunkerque se perdiera.

• Stradling, R. A. (2003). The Armada of Flanders: Spanish Maritime Policy and European War, 1568-1668. Cambridge University Press. ISBN 9780521525121. 
• Villiers, Patrick (2000). Les Corsaires du littoral : Dunkerque, Calais, Boulogne : de Philippe II à Louis XIV: 1568-1713. Septentrion.