Metal Gear Solid Delta: Snake Eater conserva las mecánicas de juego básicas implementadas por primera vez en Metal Gear Solid 3 y refinadas a partir de los títulos anteriores de Metal Gear, lo que implica que Snake debe ser controlado por el jugador mientras atraviesa una variedad de entornos tanto tropicales como industriales mientras evade enemigos hostiles, trampas y otros métodos de vigilancia que pueden exponer su cobertura en el transcurso de la misión de infiltración general del juego, todo mientras obtiene una variedad de armas cuerpo a cuerpo, armas de fuego y artilugios que lo ayudan mientras se escabulle y enfrenta amenazas.^[1]​ Las novedades en el juego de iteraciones anteriores del título incluyen habilidades como caminar agachado y usar armas de fuego en tercera persona, presentadas por primera vez en Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots (2008) y Metal Gear Solid: Peace Walker (2010) antes de ser incorporadas a Metal Gear Solid: Snake Eater 3D.^[2]​^[3]​ El remake introduce diversos ajustes visuales y de sistemas existentes que complementan la sensibilidad de los juegos modernos y las mejoras en la calidad de vida de los juegos posteriores de la serie. Cualquier daño físico, como cortes y contusiones, infligido a Snake ahora se refleja permanentemente en tiempo real en su cuerpo durante toda la partida, con el objetivo de ilustrar la experiencia individual de cada jugador con el personaje.^[4]​ La permanencia de los objetos también se aplicará al sistema de camuflaje renovado, donde las hojas que caen de los árboles pueden adherirse al equipo de Naked Snake, arrastrarse por el barro y la tierra dejará manchas en su ropa, y dicha ropa presentará rasgaduras y agujeros de bala después de que el jugador reciba daño. La mecánica del visor de supervivencia también se ha actualizado para reflejar esta característica, con cicatrices que persisten en el cuerpo de Snake incluso después de curar las heridas con vendas o ciertos ungüentos.^[5]​ Delta también ofrecerá dos estilos distintos de juego y presentación. El «nuevo estilo» permite un esquema de control basado en los títulos de acción contemporáneos y las entregas más recientes de Metal Gear, a la vez que incorpora una cámara en tercera persona con movimiento libre similar a la de Metal Gear Solid 3: Subsistence y HD Edition. El «estilo legado», por su parte, reproduce los controles y sistemas de juego clásicos, además de una vista cenital con una cámara fija similar a la del Snake Eater original.^[6]​

«Snake vs. Monkey», un minijuego del original que sirve como crossover con la serie Ape Escape de Sony Interactive Entertainment, regresa en las versiones de PlayStation 5 y Windows, aunque es reemplazado por un minijuego equivalente llamado «Snake vs. Bomberman», un crossover con la propia serie Bomberman de Konami, para la versión Xbox Series X/S.^[7]​^[8]​ El «Teatro Secreto» de Subsistence también regresa, presentando todos los videos adicionales originales, así como otros nuevos que se pueden desbloquear.^[9]​