Su figura es tristemente célebre en la historia de la Dinastía Otomana por haber hecho estrangular a sus diecinueve hermanos en pos de una sucesión sencilla para su persona.

Mehmed fue un gobernante frívolo y ocioso, dejando el gobierno del Imperio en manos de su madre Safiye (la Valide sultan), típica muestra de las influencias ejercidas por el harén del palacio en el período de la historia del Imperio Otomano conocido como el sultanato de las mujeres.

El acontecimiento principal de su reinado fue la Guerra Austro-otomana en Hungría (1596–1605).

Los ejércitos de Mehmed conquistaron Erlau (1596) y derrotaron a los Habsburgo y a las tropas de Transilvania en la Batalla de Mezokeresztes durante la cual tuvieron que disuadir al sultán de que huyera del campo de batalla en la mitad de la contienda.

Durante el sultanato de Mehmed, aunque no se sufrió ningún revés importante, considerando la incipiente decadencia del Imperio, ello no puede atribuirse a la capacidad de gobierno del sultán. Falleció en el invierno de 1603, siendo luego sucedido por Ahmed I.

Mehmed tuvo dos consortes conocidas:

• Handan Sultan (c. 1570-1605), De origen bosnio o griego

• Halime Sultan (c.1571-1623), De posible origen abjasiano
• Una concubina más de nombre desconocido, reportadas como madres de Cihangir

Hijos

• Şehzade Cihangir (1581-1596)- hijo con concubina desconocida;
• Şehzade Selim (1585-1597)- hijo con Handan Sultan;
• Şehzade Mahmud (1587-1603)- hijo con Halime;
• Şehzade Suleiman (1586 - 1603)- hijo con Handan Sultan;
• Şehzade Osman (1587-1591)- hijo con Handan;
• Ahmed I (1590-1617)- hijo con Handan Sultan;
• Mustafa I (1592-1639)- hijo con Halime Sultan;

Hijas

• Hatice Sultan (¿?- después de 1603) hija de Halime Sultan;
• Şah Sultan (1595 -1647)- hija con Halime Sultan;
• Esra Sultan (1597 - después de 1603) - hija con Handan Sultan
• Ayşe Sultan (1598 -¿1619?)- hija con Handan Sultan
• Fatma Sultan - hija con Handan
• Una hija de nombre desconocido con Handan