Su figura es tristemente célebre en la historia de la Dinastía Otomana por haber hecho estrangular a sus diecinueve hermanos en pos de una sucesión sencilla para su persona. Fue el único sultán en el Imperio Otomano, que no estuvo en asuntos políticos y relaciones internacionales, ya que dejó todo su poder y responsabilidades a su Madre Safiye Sultan. Igual en el caso de su padre que dejó su poder a partir de 1583 en Safiye Sultan

Mehmed fue un gobernante frívolo y ocioso, dejando el gobierno del Imperio en manos de su madre Safiye (la Valide sultan), típica muestra de las influencias ejercidas por el harén del palacio en el período de la historia del Imperio Otomano conocido como el sultanato de las mujeres. Siendo un Sultán que solo se preocupo por asuntos de batallas y de conquistas. Su madre Safiye Sultan, gobernaría ella el Imperio Otomano algo similar durante el reinado de Murad III donde Safiye tendría mucha influencia siendo Cogobernante y jefa de la corte otomana, aunque en este caso ella no compartiría el poder con nadie ya que su hijo le dio todo su poder y responsabilidades. Siendo reconocida en Europa como la Reina Sofia o Reina Meleki Safiye.

El acontecimiento principal de su reinado fue la Guerra Austro-otomana en Hungría (1596–1605).

Los ejércitos de Mehmed conquistaron Erlau (1596) y derrotaron a los Habsburgo y a las tropas de Transilvania en la Batalla de Mezokeresztes durante la cual tuvieron que disuadir al sultán de que huyera del campo de batalla en la mitad de la contienda.

Durante el sultanato de Mehmed, aunque no se sufrió ningún revés importante, considerando la incipiente decadencia del Imperio, ello no puede atribuirse a la capacidad de gobierno del sultán. Falleció en el invierno de 1603, siendo luego sucedido por Ahmed I.

Mehmed tuvo tres consortes conocidas:

• Handan Hatun, De origen bosnio o griego

• Halime Hatun, De posible origen abjasiano

Hijos

• Şehzade Selim (1585-1597)- hijo con Handan Sultan;
• Şehzade Suleyman (1586 - 1597)- hijo con Handan Sultan;
• Şehzade Mahmud (1587-1603)- hijo con Halime;
• Ahmed I (1590-1617)- hijo con Handan Sultan;
• Şehzade Fülan (1597 - 1598)
• Şehzade Osman (1597 - 1601)- hijo con Handan;
• Şehzade Cihangir (1599 -1602)
• Mustafa I (1600-1639)- hijo con Halime Sultan;

Hijas

• Ayşe Sultan (1598 -¿1619?)- hija con Handan Sultan
• Fatma Sultan - hija con Handan
• Hatice Sultan (1588 - después de 1603) hija de Halime Sultan;
• Şah Sultan (1590 -1647)- hija con Halime Sultan;
• Beyhan Sultan
• Ümmügülsüm Sultan
• Hümaşah Sultan
• Esra Sultan
• Akile Sultan
• Halime Sultan