Los pueblos de lengua tonocoté eran agricultores de cultura mixta entre los pueblos de tradiciones culturales andinas y amazónicos; a la llegada de los conquistadores españoles estaban establecidos a orillas de los ríos Salado y Dulce, extendiéndose hacia el norte. Si bien no hay suficientes estudios antropológicos para el este y centro-este de la actual provincia de Salta, es probable que hayan sido también allí el grupo étnico predominante.^[1]​ Los cursos de los ríos chaqueños cambian continuamente a lo largo de los siglos, creándose paleocauces abandonados de los ríos,^[2]​ donde los tonocotés cultivaban maíz, calabazas y legumbres.Error en la cita: Error en la cita: existe un código de apertura <ref> sin su código de cierre </ref> El río a cuyas orillas se establecieron ya no existe, y posiblemente haya sido el actual Riacho Nogueira, un curso antiguo del Bermejo o, más probablemente, del Bermejito. En la actualidad, el río Bermejo pasa unos 60 km al norte.

Algunos autores, como Alonso de Barzana, afirmaron que conservaban su propia lengua y que habían predicado entre ellos en ese idioma. Otros, en cambio, como el jesuita José Jolis, afirmaban que ya no hablaban su lengua propia sino que habían adoptado el quechua. Todos está de acuerdo en que, durante el período de la encomienda, eran cristianos y monógamos, aunque algunos autores indican que conservaban rituales precristianos y que la ebriedad era muy frecuente.^[3]​

En 1585, españoles provenientes de Asunción fundaron, al sur del Bermejo, la ciudad de Concepción de Buena Esperanza, que pasó a la historia con el nombre de «Concepción del Bermejo», y sometieron a la población de dos pueblos de tonocotés, llamados Matará y Guacará. Quizá para justificar su derecho sobre estas poblaciones, algunos colonos españoles afirmaron haberlos trasladado hasta ese lugar el año anterior desde la ciudad de Talavera de Esteco; o quizá fuese cierto que parte de la población tuviese origen. En todo caso, se trataba de una población agrícola, sedentaria, pacífica y que dependía de su agricultura para vivir, por lo que no podían escapar a la encomienda con la que eran sometidos a la servidumbre por los españoles. Estaban rodeados por pueblos cazadores nómades, que inicialmente los dejaron relativamente en paz; entre ellos se pueden mencionar a los qom o tobas y abipones, ambos de lenguas guaicurúes, los vilelas y los wichís.^[3]​

Entre 1592 y 1593 fueron visitados por los misioneros Francisco Solano (quien recorrió la provincia de Santiago del Estero en esos dos años) y Alonso Barzana (o Alonso Barcena). Barcena puede haber sido el promotor de la realización de la Cruz de Matará que data de 1594 y fue hallada en la población de Matará en 1971.

Los indígenas eran obligados a dejar para los españoles una parte importante de lo que sembraban y cosechaban, pero además eran obligados a hilar y tejer el mismo algodón que sembraban. Pedro Lozano menciona que eran 400 indígenas "de tasa", y que tenían 400 hilanderas y 20 telares, es decir que todas sus mujeres eran obligadas a hilar o tejer.^[4]​

Con el paso del tiempo, la agresividad de sus vecinos, especialmente de los vilelas, fue en aumento: una cierta prosperidad material y la acumulación de reservas de alimentos hacían a los pueblos tonocotés especialmente atractivos para las tribus belicosas; eso llevó a reunir ambos pueblos en uno solo –aunque no ha quedado registrada la fecha– llamado Matará, y que llevó a que la propia parcialidad indígena llevase el nombre de mataráes.^[3]​

En 1621 comenzó a aplicarse una ordenanza que anulaba las encomiendas de estos indígenas, debido al maltrato y abusos que recibían de los encomenderos, especialmente porque no sólo los obligaban a sembrar y cosechar para ellos, sino también a hilar y tejer algodón. La ciudad llevaba ya treinta y seis años de fundada pero dependía casi exclusivamente del trabajo forzado de los encomenderos, de modo que su decadencia —iniciada años antes— se aceleró. Otra razón de esa decadencia eran la creciente belicosidad de las demás tribus chaqueñas. Más decisiva aún fue la división de la gobernación del Río de la Plata y del Paraguay, quedando Concepción en manos de la gobernación del Río de la Plata; es que esa ciudad era un nexo clave entre Asunción y la gobernación del Tucumán, y no tenía ningún interés para los gobernadores de Buenos Aires, que no la visitaron nunca.

La ciudad y las encomiendas fueron repetidamente atacadas por los salvajes. En 1621, uno de los caciques de Matará invitó a una fiesta a sus rivales, logrando emborracharlos y matar a cuarenta de ellos.^[5]​

En 1629, el pueblo de Matará fue atacado por los guaycurúes y sus habitantes sobrevivientes se refugiaron en la ciudad. Algunos mataraes se unieron a los atacantes, y —cuando pudieron tomar prisioneros españoles— les ponían en sus manos ruecas, en señal de venganza por el tiempo en que no sólo los habían obligado a cultivar alimentos y algodón, sino también a hilar y tejer este último para los "cristianos".^[3]​

Pero ésta fue atacada en 1631 por una por una coalición de tribus, predominantemente abopines. El gobernador salió a enfrentar a los dos mil indígenas con su escasa tropa, pero ésta fue masacrada. La población abandonó en 1633 la ciudad, que fue incendiada y poblada por una comunidad indígena.

Una parte de los mataráes sobrevivientes huyeron hacia el sur y el sudoeste, estableciéndose con permiso de los españoles en las orillas del río Salado, en jurisdicción de la ciudad de Santiago del Estero, huyendo de los abipones, que los derrotaron en 1640. Otra parte los siguió pero prefirió la vida nómade, y pasó a formar una más de las tribus cazadoras del Chaco; entre los grupos vilelas, los atalaes y los malbalaes, que vagaban por las cercanías del nuevo pueblo de Matará, eran dos tribus que algunos autores consideran originalmente mataraes. Del resto no se conoce su destino.^[3]​

Los indígenas encomendados a Felipe de Argañaraz se establecieron definitivamente en 1645 en el nuevo pueblo de Villa Matará, junto al río Salado, en el sitio hasta entonces llamado Meaxa. Allí había aún un resto de una población indígena anteriormente encomendada, a la que se sumaron los mataraes. Junto con las encomiendas de Yuquilinguala, Tatingasta y otras, a principios de siglo había allí unas 1300 "indias de hilado", lo que equivale a más de 3000 habitantes en la costa del río Salado. Matará se convirtió en el centro de la defensa de Santiago del Estero contra las invasiones de vilelas y abipones. Cuando un explorador español quiso llegar desde allí hasta el Chaco central, le aconsejaron que lo hiciera desde la ciudad de Corrientes –es decir, desde el este– ya que entrando desde el sur se encontraría tanto con los belicosos abipones como con los mataráes salvajes, enemigos de los encomendados.^[3]​

Con el paso del tiempo, esta población aumentó, pero se concentró en torno al pueblo de Matará, único que subsistía a principios del siglo XIX; allí se hablaba tanto quechua como castellano, habiendo quedado el tonocoté abandonado hacía más de un siglo, como en toda la jurisdicción de Santiago del Estero. También el nombre de la parcialidad indígena había desaparecido, aunque muchos de los habitantes de la "casta tributaria" –es decir, que pagaban el tributo al Estado– eran de ese origen; en total vivían allí 650 indígenas, aunque un número importante de ellos estaban anotados como "ausentes" (sic), más un número difícil de precisar de mestizos y "blancos".^[3]​

El pueblo de Villa Matará se haría famoso por ser la cuna del fundador de provincia de ese nombre, el general Juan Felipe Ibarra, que la gobernó durante 30 años. Estaba en las cercanías del actual pueblo de Matará, pero éste se formó más al norte, alrededor de una estación de ferrocarril de ese nombre.^[6]​