Vegetti se licenció en filosofía en la Universidad de Pavía en 1959 con una tesis sobre Tucídides.^[2]​ Consiguió, en 1967, una plaza de Historia de la filosofía antigua en esta Universidad, donde enseñó toda su vida, primero como profesor encargado de curso y desde 1975 como profesor ordinario.^[1]​^[2]​ Es uno de los filólogos italianos más reconocidos.

Fue director del Departamento de Filosofía y miembro del Comité científico de la Scuola avanzata di formazione integrata. Muchos de sus estudios se volcaron en aspectos científico-epistemológicos y ético-políticos del pensamiento antiguo.

Perteneció al comité de redacción de las revistas Iride y Paradigmi.

Casado con la psicóloga Silvia Finzi, con quien fue trabajador del conocimiento.^[3]​

Vegetti destacó por haber traducido y comentado obras de Hipócrates, Aristóteles y Galeno; y sus notas son de referencia en los temas biológicos antiguos. Dirigió una obra colectiva en tres volúmenes, con la presentación "Introduzione alle culture antiche".

Durante años trabajó en la versión y comentario detallado de la República de Platón;^[1]​^[4]​ un trabajo gigantesco, cuyos cuatro primeros volúmenes aparecieron entre 1998 y 2000.^[2]​

En 2009 publicó el libro Un paradigma in cielo, en el que defiende la idea de un Platón ilustrado por contraste con las críticas a las posiciones políticas del pensador desde Aristóteles hasta el siglo XX.^[5]​

Desde la Universidad de Pavía, Vegetti organizó numerosos encuentros internacionales: sobre ciencia helenística (1982), sobre las obras psicológicas de Galeno (1986), sobre la tradición de la República de Platón en el pensamiento antiguo (1997-1998) y en la tradición medieval y humanística (2000).

Mario Vegetti es conocido internacionalmente por sus estudios de Platón, Aristóteles, Hipócrates y Galeno.^[6]​

• "La medicina in Platone", Riv. crit. storia della filosofia, 1966-69.
• Editor, con M. Lanza, de Opere biologiche di Aristotele, Milán, 1971; y su presentación a la Historia de los animales, pp. 73-128 ("Ricerche sugli animali"), y sobre las Partes de los animales, pp 489-554.
• Editor de Opere di Ippocrate, Turín, 1976, con presentación.
• Con P. Manuli, Cuore, sangue e cervello. Biologia e antropologia nel pensiero antico, Milán, 1977.
• Con D. Lanza y otros, L'ideologia della cità, Nápoles, Liguori, 1977.
• Il coltello e lo stilo, Milán, Il Saggiatore, 1979. Tr.: El escalpelo y la pluma. Los orígenes de la racionalidad científica, Barcelona, Península, 1981, ISBN 84-297-1749-8
• "Modelli di medicina in Galeno", en V. Nutton, Galen: Problems and Prospects, Londres, 1981.
• Tra Edipo e Euclide. Forme del sapere antico, Milán, Il Saggiatore, 1983.
• Dirige Il sapere degli antichi, Turín, Boringhieri, 1985, donde colabora con "Anima e corpo", pp. 201-228.
• Colabora en Mirko Grmek (ed.), Storia del pensiero medico occidentale. I, Roma, Laterza, 1993, sobre el saber y la práctica en la medicina helenística.
• La medicina in Platone, Venecia, Il Cardo, 1995
• L’etica degli antichi, Roma, Laterza, 1996. Tr.: La ética de los antiguos, Madrid, Síntesis, 2005, ISBN 84-9756-331-X; prólogo de José Montoya.
• Guida alla lettura della ‘Repubblica’ di Platone, Roma, Laterza, 1999.
• Un paradigma in cielo. Platone politico da Aristotele al Novecento, Carocci, 2009.
• Qui comanda nella città, Carocci, 2017.