Margarita tenía el mismo nombre que su abuela paterna, Margarita de Parma, la hija ilegítima del emperador Carlos V del Sacro Imperio Romano Germánico. Casada el 2 de marzo de 1581 con Vicente I Gonzaga, futuro duque de Mantua, hijo del duque Guillermo Gonzaga y de la archiduquesa austriaca Leonor de Habsburgo (hija del emperador Fernando I y de Ana Jagellón de Hungría y Bohemia, hija del rey Vladislao II de Hungría). Se casaron solemnemente en Mantua el 30 de abril de 1581 .

El objetivo político detrás de la unión era probablemente crear una alianza entre los Gonzaga y los Farnesio. El matrimonio, por supuesto, serviría para dejar atrás la vieja rivalidad entre las dos familias que se remontaba a 1547 cuando Ferrante I Gonzaga organizó una conspiración en contra de Pedro Luis Farnesio, duque de Parma y Piacenza.

A causa de una discapacidad física, Margarita no pudo consumar el matrimonio, el cual fue anulado el 26 de mayo de 1583. Margarita fue llevada a Parma por su hermano,Ranuccio I Farnesio. Dado que no fue capaz de tener hijos, se vio obligada a retirarse a un convento y tomar los hábitos de monja. Se convirtió en religiosa benedictina en el monasterio de San Paolo en Parma, bajo el nombre de Sor Maura Lucenia. Fue entonces abadesa de San Alejandro.