Marcial Ayaipoma nació el 8 de febrero de 1942 en la ciudad de Lima, capital principal del Perú. Es hijo de Marcial Ayaipoma Vidalón, doctor en medicina y catedrático universitario, y de Abilia Alvarado, de profesión educadora.

Realizó sus estudios superiores en la Universidad Peruana Cayetano Heredia, donde se graduó luego como médico cirujano. Su padre fue uno de los fundadores de dicha universidad y el primer presidente de la Federación Peruana de Vóley (1942-1950), contribuyendo decididamente a la popularización de este deporte.

Ayaipoma también se ha dedicado al ámbito empresarial de las actividades ganaderas y taurinas. Durante más de 30 años ha organizado la tradicional Temporada Limeña del Señor de los Milagros. Es propietario de las cabañas bravas de “La Huaca” y “Lomas de Villa”, y también es presidente de la Peña Taurina Perú y miembro activo y honorario del Círculo de Periodistas Taurinos del Perú.^[2]​

En 1999, Marcial Ayaipoma incursionó en la política peruana como militante y fundador de Perú Posible, partido político de Alejandro Toledo, y participó en las elecciones del año 2000 como candidato al Congreso de la República del Perú representando a la circunscripción de Lima. Ayaipoma acompañó a Toledo en sus mítines presidenciales contra la segunda reelección presidencial de Alberto Fujimori, quien logró vencer a Toledo en medio de acusaciones de fraude.^[3]​ Finalmente, Ayaipoma es elegido como congresista con 29,009 votos y fue juramentado para el periodo parlamentario 2000-2005.^[4]​

Como congresista, Ayaipoma formó parte de la oposición al gobierno de Alberto Fujimori y colaboró en diversas mociones de investigación contra miembros del régimen fujimorista. También participó en la Marcha de los Cuatro Suyos, protesta social liderada por Alejandro Toledo contra el tercer gobierno de Fujimori.

En noviembre del 2000, su periodo de congresista fue reducido hasta el 28 de julio del 2001 luego de que Fujimori renunciara a la presidencia del Perú por el escándalo de corrupción de los Vladivideos, hecho que también motivó a que Valentín Paniagua asumiera la presidencia de manera interina y convocara a elecciones generales para el año 2001. Ayaipoma decidió ir a la reelección en las elecciones parlamentarias y tuvo éxito para una segundo período legislativo,^[5]​ coincidiendo con la elección de Alejandro Toledo como presidente de la República del Perú.

En su segunda gestión fue presidente de la Comisión de Educación (2002-2003) e integrante de diversas comisiones parlamentarias. Fue también vocero de la bancada de Perú Posible.

El 26 de julio del 2005, Marcial Ayaipoma fue elegido como presidente del Congreso de la República del Perú para el periodo legislativo 2005-2006, siendo el último presidente del legislativo en el gobierno de Alejandro Toledo.^[6]​^[7]​

Volvió a postular en las elecciones del 2011 por la Alianza Perú Posible, en las que no resultó elegido. De igual manera en su candidatura a la primera vicepresidencia del Perú en la plancha presidencial de Alejandro Toledo en las elecciones del 2016.^[8]​

En 2014, Ayaipoma fue elegido secretario general de Perú Posible para el periodo 2014-2016, en reemplazo de Luis Thais.^[9]​ Permaneció en el cargo hasta la disolución del partido en julio del 2017.^[10]​