Egresó de la Academia Diplomática “Andrés Bello”. Asimismo, estudió Licenciatura en Geografía en la Universidad Católica de Valparaíso; Ciencias Políticas y Relaciones Internacionales en la Universidad de Lovaina, Bélgica; y Derecho en la Universidad U.N.E.D. de Madrid, España.

Comenzó su carrera diplomática en 1976. Se desempeñó como embajador de Chile en Rumania y Bulgaria. Fue cónsul general en Miami, Estados Unidos; en Mendoza y en Ushuaia, Argentina. Fue cónsul adjunto en Caracas, Venezuela. También ha cumplió funciones diplomáticas en las representaciones de Chile en Estados Unidos; en Bélgica; ante la OEA y en Jordania.^[2]​

En Chile se ha desempeñó en las Direcciones de América del Sur; de Europa y de Medio Ambiente. Fue Director de Medio Oriente y África, y Director y Subdirector de la Dirección de Recursos Humanos y ha dictó clases en la Academia Diplomática Andrés Bello.

Hinojosa, fue parte del denominado "grupo de los 10", embajadores cercanos a la coalición de centro izquierda Concertación de Partidos por la Democracia.^[3]​

Manuel Hinojosa ha recibido condecoraciones de diversos países. En República Dominicana fue premiado con el Orden al Mérito de Duarte, Sánchez y Mella en el Grado de Gran Cruz Placa de Plata, al concluir su misión como embajador de ese país.^[4]​