Su primer profesor de música fue Norberto Almandoz, organista y maestro de capilla de la Catedral de Sevilla. Las enseñanzas de este compositor vasco, que había estudiado en París y conocía la música contemporánea, fueron una gran influencia para Manuel Castillo, como él mismo reconoció en los últimos años de su vida.^[2]​ De hecho, según sus propias palabras, a su primer maestro debía "el noventa por ciento" de lo que sabía de música.^[3]​^[4]​

Su primera aparición pública tuvo lugar el 16 de octubre de 1949, en un acto organizado por el Conservatorio de Música de Sevilla en conmemoración del centenario de la muerte de Chopin.^[5]​

Posteriormente, continuaría sus estudios de composición con Conrado del Campo en Madrid y Nadia Boulanger en París. Fue, además de compositor, un gran pianista. En 1954 fue nombrado Profesor de Historia y Estética de la Música del Conservatorio Superior de Sevilla, y dos años después Catedrático de Piano. En este centro, ejercería también las labores de Subdirector, y, desde la dimisión de Norberto Almandoz en 1964, de Director. Años más tarde, en 1978, abandonó este cargo para dedicarse por entero a la actividad creativa.

Su vocación religiosa lo impulsó a ingresar en el seminario en 1956, ejerciendo el sacerdocio hasta 1970.^[1]​ En los años 1959 y 1990 fue Premio Nacional de Música. En 1988 fue nombrado Hijo Predilecto de Andalucía. En 1989, fue nombrado académico correspondiente de la Real Academia de Bellas Artes de Nuestra Señora de las Angustias de Granada.

Su obra ha sido calificada como «transvanguardista». Es poseedor, sin duda, de un lenguaje propio. Tomás Marco, en su monografía, afirma: «No está ni más acá de la vanguardia ni más allá tampoco, sino que la tiene en cuenta, la conoce, la valora, la usa eventualmente si la necesita y se mantiene en unos límites de lenguaje que le son propios».

• Fiat América , 1968;
• El arcángel de la niebla , 1971;
• En las hojas del tiempo (baile de seises), 1992;

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• Catálogo publicado