Nació en 1958 en la localidad austríaca de Nenzing. Es hijo de Otto y Frieda Honeck, procedente de una familia de nueve hermanos,^[1]​^[2]​ uno de los cuales es el concertino de la Filarmónica de Viena Rainer Honeck.

En su juventud estudió violín, instrumento con el que accedió a la Universidad de Música y Arte Dramático de Viena, donde también estudió viola. Tras completar sus estudios, entró a formar parte de la Ópera Estatal de Viena y tras el período reglamentario, accedió a la Filarmónica de Viena. Como director, se formó como asistente de Claudio Abbado en la Joven Orquesta Gustav Mahler.

Vive en la ciudad de Altach, Vorarlberg, Austria con su esposa, Christiane, y sus seis hijos.^[3]​

Entre 1991 y 1996 dirigió con asiduidad en la Ópera de Zúrich.^[4]​ Entre 1997 y 1998 fue director musical de Ópera de Oslo en Noruega, mientras era director estable de la Orquesta Sinfónica MDR de Leipzig, puesto que ocupó entre 1996 y 1999. En 1998 fue nombrado principal director invitado de la Orquesta Filarmónica de Oslo. De 2000 a 2006 fue director musical de la Orquesta Sinfónica de la Radio Sueca, lugar donde hizo una importante labor de promoción de la música contemporánea, incluido el estreno de Ordet – en passion de Sven-David Sandström el 24 de marzo de 2006. Después fue nombrado Generalmusikdirektor (GMD) de la Ópera Estatal de Stuttgart para la temporada 2007-2008,^[5]​ con un contrato inicial por cuatro años.^[6]​ En noviembre de 2009 la Ópera de Stuttgart anunció la marcha de Honeck al concluir su contrato,^[7]​ que expiraba en verano de 2011.^[8]​ En el período de 2008 a 2009 también fue el principal director de la Orquesta Filarmónica Checa. El 11 de noviembre de 2023, Manfred Honeck fue nombrado Director Honorario de la Orquesta Sinfónica de Bamberg.

En mayo de 2006 hizo su debut con la Orquesta Sinfónica de Pittsburgh, obteniendo un éxito clamoroso.^[9]​ En noviembre volvió a aparecer en Pittsburgh, en otro concierto que recibió muy buenas críticas.^[10]​ El 24 de enero de 2007, la Sinfónica de dicha ciudad lo nombró titular, siendo el noveno director que accede al puesto,^[11]​ con un contrato inicial por tres años,^[12]​^[13]​ contrato que fue renovado hasta la temporada 2015 - 2016 en septiembre de 2009^[14]​ y de nuevo en febrero de 2012, hasta la temporada 2019 - 2020.^[15]​ En septiembre de 2018, la PSO anunció la extensión del contrato de Honeck hasta la temporada 2021-2022. En septiembre de 2021, la PSO anunció la extensión más reciente del contrato de Honeck como director musical hasta la temporada 2027-2028.^[16]​

El trabajo de Honeck con la Orquesta Sinfónica de Pittsburgh ha quedado documentado en grabaciones con los sellos Exton y Reference. Honeck y la PSO han grabado cuatro SACD para Reference Recordings: poemas sinfónicos de Strauss, la Octava Sinfonía de Dvorák y la Suite Jenufa de Janáček, la Cuarta Sinfonía de Bruckner y las sinfonías Quinta y Séptima de Beethoven. Las grabaciones de Honeck y la PSO de la Sinfonía n.º 4 de Bruckner, la Octava Sinfonía de Dvorak y la Suite Jenufa de Janáček fueron nominadas a los premios Grammy en la categoría de Mejor Interpretación Orquestal en 2015 y 2014, respectivamente.^[17]​

Con esta orquesta también ha grabado música de Giuseppe Verdi, Gustav Mahler, Piotr Ilich Chaikovski, Richard Strauss, Alan Fletcher, entre otros, para el sello Octavia (Exton).^[18]​

• Bruckner, Sinfonía n.º 7; Bates: Resurrexit, Reference (2024)
• Tchaikovsky, Sinfonía n.º 5 y Schulhoff, 5 piezas, Reference (2023)
• Beethoven, Sinfonía n.º 6 y Stucky, Primavera silenciosa, Reference (2022)
• Brahms: Sinfonía n.º 4 en mi menor, Op. 98 – MacMillan: Larghetto para orquesta (en directo), Reference (2021)
• Beethoven: Sinfonía n.º 9, Op. 125 "Coral", Reference (2021)
• Tchaikovsky: Sinfonía n.° 4 – Leshnoff: Doble concierto para clarinete y fagot, Reference (2020)
• Bruckner: Sinfonía n.° 9 en re menor, Reference (2019)
• Beethoven: Sinfonía n.° 3, Op. 55 "Heroica" – Strauss: Concierto para trompa n.° 1, Op. 11 (En vivo), Reference (2018)
• Shostakovich/Barber, Sinfonía n.° 5/Adagio para cuerdas, Reference (2017)
• Tchaikovsky y Dvorák, Sinfonía n.° 6 y Fantasía Rusalka, Reference (2016)
• Strauss, Suites Elektra y El caballero de la rosa, Reference (2016)
• Bruckner, Sinfonía n.° 4, Reference (2015)
• Beethoven, Sinfonías n.° 5 y 7, Reference (2015)
• Dvorák, Sinfonía n.° 8 y Janáček, Suite Jenufa, Reference (2014)
• Richard Strauss, Don Juan, Muerte y Transfiguración, Till Eulenspiegel, Reference (2013)
• Mahler, Sinfonía n.° 5 en do sostenido menor, Exton (2012)
• Tchaikovsky, Sinfonía n.º 5, Exton (2011)
• Mahler, Sinfonía n.º 3, Exton (2011)
• Richard Strauss, Ein Heldenleben, Exton (2010)
• Mahler, Sinfonía n.º 4, Exton (2010)
• Mahler, Sinfonía n.º 1, Exton (2009)

• María Dueñas, Beethoven y más allá, Wiener Symphoniker, Deutsche Grammophon (2023)
• Beethoven, Suppé, R. Strauss, et al., Frühling in Wien, Wiener Symphoniker (sello propio), (2017)
• Obras de Johann Strauss II y sus hermanos, Wiener Symphoniker (sello propio), 2014
• Dvořák, Concierto para violín en la menor con Anne-Sophie Mutter, Filarmónica de Berlín, Deutsche Grammophon (2013)
• Braunfels: Große Messe, op. 37, Staatsorchester, Staatsopernchor und Collegium Iuvenum Stuttgart, S. Schneider, G. Romberger, M. Klink, Decca (2010)
• Britten, Concierto para violín, Orquesta Sinfónica de la Radio Sueca, F.P. Zimmermann-Sony (2009)
• Mozart, Così fan tutte (Festival de Salzburgo), Wiener Symphoniker, Martinez, Koch, Mathey, Degout, Donath, Aleen – Decca (2006)
• Allan Pettersson, Sinfonía núm. 12, Coro de la Radio Sueca, cpo (2006)
• Braunfels: Juana de Arco, Orquesta Sinfónica de la Radio Sueca, Coro de Cámara Eric Ericson, Banse, Missenhardt, Stenswold, Decca (2001)
• Mahler, Sinfonía n.º 1, Orquesta Sinfónica de la BBC, BBCMM-93 (2000)
• Mozart, Réquiem, Orquesta Sinfónica y Coro de la Radio Sueca, Querstand (2001)
• Mozart, Wagner, Strauss, et al., Matthias Goerne: Arias de ópera alemana, Orquesta Sinfónica de la Radio Sueca, Exton (2000)

• Manfred Honeck en AllMusic
• Manfred Honeck biography at the Swedish Radio Symphony Orchestra
• Manfred Honeck biography from KS Gasteig
• Broman PF. Ordet – en passion. Introduction to Swedish Radio performance (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
• Ramesh Santanam, "Pittsburgh Symphony Orchestra Announces Second Contract Extension for Music Director Manfred Honeck". PSO Blog, Pittsburgh Symphony Orchestra, 13 February 2012