La historia trata sobre la vida de Aya Asagiri, una estudiante de secundaria que sufre intenso maltrato tanto en la escuela como en su hogar por lo que considera la posibilidad de suicidarse. Un día a través de un misterioso sitio web escucha a una niña de aspecto tenebroso mencionándole que le otorgara la posibilidad de convertirse en una chica mágica, tiempo después, se entera de un oscuro secreto que está siendo planificado por los administradores del sitio web que implica un peligro para toda la humanidad. Aya se va haciendo de amigos y enemigos en el camino mientras lucha para averiguar cómo sobrevivir. Aya y sus amigas tratan de vencer a la misteriosa administradora del sitio web para tener una vida en paz.

Aya Asagiri (朝霧 彩, Asagiri Aya^?)

Seiyū: Yūko Ōno^[2]​

Aya es la protagonista de la historia. Ella es una chica de secundaria de catorce años con cabello largo y negro. Al comienzo de la serie, es intimidada en la escuela y abusada en casa por su hermano, quien le dice repetidamente que está mejor muerta. Tiene una personalidad gentil y amable, y se demuestra cuando cuida a un gato abandonado que luego es asesinado. Después de obtener su varita (en forma de pistola), se muestra reacia a usarla porque no quiere matar gente. Pero cuando su propia vida está en peligro, descubre que no tiene más remedio que usarla para mantenerse con vida. Su varita es una pistola que dispara humo en forma de corazón y teletransporta al objetivo a la ubicación en la que ha estado antes. El cabello de Aya crece más y cambia de negro a rojo cuando usa su arma, lo que hace que la sangre fluya de sus ojos. El emblema de su arma, en sus ojos, y su muñeca izquierda cuando usa su varita es un corazón rojo. Su habilidad especial es la lectura y su fuerza es su cálida personalidad. Las cosas favoritas de Aya incluyen frutas, chocolate, juguetes de peluche y alimentos carnosos. Más adelante se revela que Aya es en realidad la hermana gemela mayor de Tsuyuno separada desde su nacimiento.

Tsuyuno Yatsumura (奴村 露乃, Yatsumura Tsuyuno^?)

Seiyū: Himika Akaneya^[2]​

Tsuyuno es la compañera de clase de Aya y se revela a sí misma como otra chica mágica cuando salva a Aya de un matón. Tsuyuno vive en un trauma después de presenciar el asesinato de sus padres por un ladrón que invadió su casa cuando ella era una niña pequeña. El ladrón le perdonó la vida, diciendo que volvería por ella cuando creciera. Vivió con miedo hasta que aparece el mismo sitio web que luego aparece para Aya, otorgándole poderes mágicos. Más tarde es capaz de localizar al asesino de sus padres y se venga manteniéndolo como rehén en su apartamento, torturándolo todos los días. Después de conocer a Aya, se ofrece a ayudarla y la consuela cuando se asusta, lo que a su vez forma una fuerte amistad entre los dos. Ella le dice a Aya que cada vez que usan sus varitas mágicas, sus vidas se acortan. Ella usa su esperanza de vida en un esfuerzo final por salvar a Aya y sus amigos. Tsuyuno congela el tiempo con su varita que toma la forma de un teléfono inteligente. Cuando usa su varita, el emblema en sus ojos y muñeca es una luna creciente amarilla. Su cabello, que normalmente es amarillo, se desvanece en naranja mientras la sangre fluye por su boca. Sus cosas favoritas son las verduras, los juegos móviles, la miel, el yogur, las cosas lindas y los personajes de las mascotas.Más adelante se revela que ella es en realidad la hermana gemela menor perdida de Aya. En el capítulo 54 del manga, Tsuyuno murió y su cuerpo está rodeado de humo negro después de usar demasiado su varita. Ella podría haberse reencarnado como Ni, una administradora del sitio.

Rina Shioi (潮井 梨ナ, Shioi Rina^?)

Seiyū: Aina Suzuki^[2]​

Rina es una niña de trece años que actualmente está tomando la apariencia de la hermana mayor de Sarina, Saki, un efecto de una varita mágica en forma de cámara. Su apariencia original incluye un bob gris corto y pecas. En el pasado, fue intimidada hasta el punto de no poder mirar cigarras sin asustarse. Tsuyuno conoció a Rina en línea mientras trataba de averiguar qué significaba el reloj de cuenta atrás en el sitio web. Rina inicialmente estaba recopilando información sobre otras chicas mágicas durante su desaparición, que ocurrió al mismo tiempo con el inicio de una ola de asesinatos de chicas mágicas. Más tarde se revela que ella es la asesina y ha estado matando a otras chicas mágicas para obtener sus varitas y mantenerse con vida. Su propia varita es un martillo. Su emblema es un diamante azul que aparece en sus ojos. Su cabello rosado se desvanece en azul claro y la sangre fluye por su nariz cuando usa su varita. Ella les informa a Tsuyuno y Aya que ha descubierto que el reloj de cuenta regresiva está marcando lafin de la humanidad . Los dos son capaces de someter a Rina, pero antes de que ella pueda decirles su fuente, entra en coma debido al uso excesivo de varitas. Los médicos que luego la examinan están perplejos, ya que aunque se ve joven, sus órganos funcionan como los de una persona de 70 años. Ella se recupera del coma gracias a Kosame, y luego se convierte en una aliada. Las cosas favoritas de Rina incluyen panqueques, computadoras y aguacates.

Nijimi Anazawa (穴沢 虹海, Anazawa Nijimi^?)

Seiyū: Yū Serizawa^[2]​

Apodada Nijimin, es la más popular del grupo ídolo 'Inu Asobi' (Puppy Play). Aya y Tsuyuno intentan encontrarse con ella ya que ella era un objetivo en una Nota de matanza de varitas que Rina llevaba. Aunque su comportamiento normal es muy alegre y amistoso, cuando se le muestra una foto de Rina, se enfada mucho y se vuelve homicida. Quiere vengar la muerte de su amiga Mikado (también una chica mágica) que fue asesinada por Rina para robarle la varita del lápiz mecánico de su amiga. Más tarde se siente traicionada cuando se enteró de que Aya y Tsuyuno habían estado manteniendo en secreto la ubicación de Rina, ya que no sabía que necesitaban la ayuda de Rina con respecto a la Tempestad. Nijimin también se enamora de Kaname, aunque no sabe que él abusa de Aya hasta que le roba la varita y la usa para emboscar a los demás. Nijimin puede controlar la mente de cualquiera, incluidas otras chicas mágicas y administradores de sitios con su varita, un par de bragas. El emblema en su varita, en sus ojos y muñeca izquierda cuando la usa es una pica púrpura. Sus cambios físicos mientras usa su varita están ocultos con lentes de contacto que ocultan el emblema en sus ojos, su cabello teñido que oculta su cambio de color de cabello y corrector aplicado en su muñeca para cubrir su emblema de vida útil. Las cosas favoritas de Nijimin son las manzanas, el té con leche de tapioca y los perros. Es asesinada por Kaname con la varita de Sayuki mientras intentaba recuperar su varita. Antes de convertirse en una niña mágica, la familia de Nijimin tuvo una crisis financiera y vivía con miedo cuando los usureros seguían llegando a su casa y amenazando a su padre con pagar sus deudas. Incapaz de pagar sus deudas, su padre más tarde se suicidó ahorcándose.

Sarina Shizukume (雫芽 さりな, Shizukume Sarina^?)

Seiyū: Haruka Yamazaki^[2]​

Sarina es la líder de un trío de matones que han atormentado sin piedad a Aya desde que se transfirió a su escuela, ya que la ve como una persona débil. Cuando una de sus amigas en el trío, Erika, muere debido a la varita de Aya, inmediatamente sospecha de ella, lo que lleva a una amenazante confrontación con un cutter en el baño de niñas de la escuela. Aya es salvada por Tsuyuno que usa el cortador de Sarina para cortarse la garganta mientras el tiempo se congela. Sarina sobrevive a la herida y termina en el mismo hospital al que llevaron a Rina. Pronto se entera de que Aya y Tsuyuno fueron responsables de su lesión y los escucha hablar sobre la existencia de chicas mágicas. A diferencia de otras chicas mágicas, Más tarde, Sarina recibe una varita directamente de Nana (una administradora del sitio web de chicas mágicas) en forma de yo-yo con el emblema de un phi naranja (Φ) que tiene la capacidad de cortar objetos por la mitad. Su cabello rojo se desvanece a un naranja amarillento y la sangre fluye de sus oídos cuando usa su varita. Luego es enviada a completar la misión de Rina de recolectar varitas. Sarina es supuestamente asesinada por Nana en el tercer volumen del manga cuando pregunta si vale la pena ser la única superviviente una vez que la tempestad haya terminado. Sin embargo, al final del quinto volumen del manga, se insinúa que pudo haber sobrevivido. Se asoció con Alice y luego se asoció con Aya y el resto de las chicas mágicas para ayudar a la destrucción de los administradores del Sitio de Chicas Mágicas.

Kaname Asagiri (朝霧 要, Asagiri Kaname^?)

Seiyū: Nobuhiko Okamoto^[3]​

El hermano mayor adoptivo de Aya que abusa de ella cada vez que puede cuando está solo, generalmente atándola y golpeándola hasta que vomita. De hecho, asume que todos los que lo rodean son "repugnantes", aunque por fuera parece un chico carismático. Se revela que abusa de Aya como una salida de estrés para lidiar con las altas expectativas de su padre sobre el rendimiento académico de su hijo, golpeándolo cuando no obtiene calificaciones perfectas en los exámenes y otras asignaciones. Kaname se cree un prodigio capaz de manipular a quien quiera y desee para que se convierta en Dios. Más tarde se involucra con chicas mágicas cuando descubre el sitio de Magical Girl en el historial del navegador de Aya y comienza a trabajar junto con Nana. Después de robar la varita de Nijimi y controlar completamente su mente, ataca a Aya y los demás mientras están de vacaciones en la playa. Después de la emboscada y antes de que pudiera acabar con ellos, es secuestrado, atado y sodomizado en el sótano del detective Misumi.

Kosame Amagai (雨谷 小雨, Amagai Kosame^?)

Seiyū: Yumi Hara^[3]​

Kosame aparece por primera vez al final del tercer volumen del manga cuando cura a Rina de su coma y se presenta como "una chica mágica de otro sitio de chicas mágicas". Lleva un parche en el ojo izquierdo y a menudo lleva consigo un peluche de cachorro. Su varita es un cutter que puede usar para curar a sus amigos cortándose y dejando que la sangre fluya hacia sus bocas o heridas abiertas. Kosame sufre de cáncer terminal y el médico predijo que le quedan seis meses más de vida. Muy deprimida por la declaración, comenzó a practicar la autolesión cortándose la muñeca. Su emblema es la letra Q ubicada en el lado derecho de su cuello. El cabello de Kosame se desvanece de plateado a rosa pálido cuando usa su varita.

Mikari Izumigamine (泉ヶ峰 みかり, Izumigamine Mikari^?)

Seiyū: Kaede Hondo^[3]​

Mikari es una heredera de una familia aparentemente rica cuyos padres fueron asesinados por un psicópata en una calle. Es algo altiva y con frecuencia abusa de su mayordomo Yukiji para entretenerse, generalmente con su varita, una escoba que permite volar. Su emblema es la letra V. El cabello de Mikari, que generalmente es lavanda, se desvanece en verde pálido mientras usa su varita. Más tarde es asesinada por un administrador del sitio.

Sayuki Ringa (燐賀 紗雪, Ringa Sayuki^?)

Seiyū: Mao Ichimichi^[3]​

Sayuki es la única hija de un yakuza, que posee una gran habilidad para luchar con espadas y artes marciales. Su varita es una katana que puede cortar y endurecer cualquier cosa desde larga distancia, mientras que su emblema es la letra X. El cabello negro de Sayuki se desvanece en púrpura y la sangre fluye por su uña izquierda mientras usa su varita. Más tarde se revela que fue elegida como la niña mágica, debido a que cuando era una niña pequeña fue secuestrada por miembros de una familia rival yakuza antes de asesinar a sus secuestradores con la varita que recibió. Su madre está actualmente encarcelada por asumir la culpa de las acciones de su hija. Más tarde es asesinada por el administrador del sitio Go.

Kiyoharu Suirenji (水蓮寺 清春, Suirenji Kiyoharu ^?)

Seiyū: Eriko Matsui^[3]​

Kiyoharu es reconocido como mujer por el sitio de chicas mágicas, por lo que es elegido como una chica mágica. Fue intimidado en su escuela por las personas que se enteraron de su género. El ha expresado su absoluto disgusto por sus compañeros a Kosame en privado, y planea vengarse de sus matones solo después de que hayan encontrado la felicidad, solo para poder sentir la satisfacción de "arrojarlos del paraíso al infierno". Su varita toma la forma de un anillo con el poder de conectarse directamente dentro del sistema sensorial de su objetivo para controlar su cuerpo y experimentar sus sentidos de forma remota. Su emblema es la letra S. La sangre fluye de su frente y su cabello rubio se desvanece en rosa púrpura cuando usa su varita.

Asahi Takiguchi (滝口 あさひ, Takiguchi Asahi^?)

Seiyū: Lynn^[3]​

Asahi es una chica aparentemente popular y atlética que va a una escuela diferente a la del grupo de Kosame, pero recibió su varita del mismo sitio. A menudo se la ve en la ciudad rodeada de muchos hombres. Su varita es un collar que permite una velocidad y fuerza sobrehumanas. Su emblema es la letra H. Mientras usa su varita, su cabello naranja se desvanece en un color magenta. Los antecedentes desafortunados de Asahi que la llevaron a ser elegida como una niña mágica se deben al hecho de que fue víctima de violencia doméstica por parte de su padre, quien la golpeó a ella, a su madre y a sus hermanitos, luego la niña lo mató, y pudo retomar una vida normal junto con su madre y sus hermanos.

El manga de Mahou Shoujo Site es escrito e ilustrado por Kentarō Satō, fue publicado por primera vez el 11 de julio de 2013 en la Champion Tap! antes de pasarlo a la Weekly Shōnen Champion en septiembre de 2017. Akita Shoten publicó el 16º volumen el 8 de octubre de 2019.^[4]​ Actualmente el manga tiene 16 volúmenes publicados.

Se han publicado 16 volúmenes hasta octubre de 2019.^[5]​

La serie ha sido publicada en la revista Champion Tap! desde julio de 2013 y en la Weekly Shōnen Champion desde 2017. La serie fue transmitida por las cadenas MBS, TBS y BS-TBS.^[2]​ La historia fue dirigida por Tadahito Matsubayashi, Takayo Ikami estuvo a cargo del guion y adaptada a un anime por production doA, se emitió en Japón desde el 6 de abril de 2018 hasta el 22 de junio de 2018 contando con un total de 12 capítulos. La serie también fue transmitida por Amazon Prime Video dentro y fuera de Japón.^[22]​ Su tema de apertura es "Changing Point" interpretado por i☆Ris y su tema de cierre es "Zenzen Tomodachi" interpretado por Haruka Yamazaki.^[23]​ Sentai Filmworks obtuvo la licencia del anime y lo lanzará en formato digital y de video doméstico.^[24]​

A continuación se listan los 12 episodios de la serie.^[25]​

• Sitio web oficial (en japonés)
• Mahou Shoujo Site (anime) en la enciclopedia Anime News Network (en inglés)
• Mahou Shoujo Site (manga) en la enciclopedia Anime News Network (en inglés)