Producto de las fuerzas inferiores de los llamados en ese tiempo las Margaritas del Atlas. Fue volante del Atlas de 1963 a 1970, cuando el equipo en esa época fue conocido como Los Niños Académicos por la gran camada de jugadores mexicanos muy talentosos, jóvenes y de gran calidad que surgieron en esa época como el Gato Javier Vargas, los hermanos Chuy Delgado y Pepe Delgado, José Antonio Rodríguez, Fernando Padilla que muchos llegaron a jugar en la Selección Nacional. Al terminar su ciclo con el Atlas, en donde inclusive sufrió un descenso en la temporada 1970-71 a la Segunda División, cuando en tres dramáticos partidos fueron derrotados por los Tuzos del Pachuca. En la temporada 1971-72 fue jugador con los Tuneros de San Luis cuando este equipo ascendió por primera vez a la Primera División en la temporada 1970-1971, hasta el momento de su retiro. A pesar de su calidad, nunca pudo ser campeón con el Atlas.^[3]​

Participó con la Selección de futbol de México en la Copa Mundial de Futbol de 1966 en Inglaterra bajo las órdenes de Nacho Trelles el entrenador nacional y en donde México ocupo el lugar 12° entre 16 participantes.

Al retirarse como futbolista activo fue visor de nuevos talentos para los Zorros del Atlas, llegando a reclutar a jugadores que más tarde serían seleccionados nacionales y jugadores de Copa del Mundo, además de desarrollar carrera en Europa como Pavel Pardo, Andrés Guardado, Jared Borgetti y Rafael Márquez.^[2]​

Magdaleno Mercado falleció el 6 de marzo de 2020 por complicaciones de sus enfermedades crónicas degenerativas en Guadalajara, Jalisco.