Su padre, profesor y periodista en El Constitucional de Madrid se trasladó con su familia de Cuenca a Madrid, y luego a Logroño y a Burgos, ciudades en las que Magdalena hizo el Bachillerato.

En 1890 empezó los estudios de Farmacia en la Universidad Central, solicitó su traslado a Facultad de Medicina de Valladolid pero tuvo que abandonarlos por la enfermedad de su padre. Al quedar huérfana, comenzó a trabajar como telefonista. Perdió también a su hermana. Tras realizar estudios de Maestra de primera enseñanza Elemental y Superior en Huesca, así como el Grado Normal en la Escuela Normal Central de maestras de Primera Enseñanza de Madrid en apenas tres meses, volvió a Huesca donde ganó plaza de maestra de párvulos.^[1]​

Cesó el 3 de junio de 1901 y ocupó una cátedra en la sección de Letras de la Escuela Normal de Barcelona; permutó la plaza un año después por la de la Escuela Normal de Madrid, donde impartió la asignatura de Historia de la Civilización, y después fue profesora de la Escuela de Estudios Superiores de Magisterio.^[2]​

Fue becada por la Junta de Ampliación de Estudios para realizar estudios sobre la metodología en la Historia en Italia, Francia y Rumanía pero no llegó a disfrutarla por el estallido de la I Guerra Mundial. En 1916 fue vicepresidenta de la Sociedad para el estudio del niño.^[1]​

Se casó con Antolín Sapelo. Murió el 27 de junio de 1922 de una repentina septicemia biliar.^[3]​

Colaboró en las revistas y publicaciones periódicas: El Ramo, Huesca Moderna, La Lectura, Blanco y Negro, Nuevo Mundo, La Ilustración Española y Americana, Diario Universal, Labor Nueva, La Correspondencia de España, El Magisterio Español, El Eco de Santiago, La Basílica Teresiana, El Álbum Ibero-Americano, La Alhambra, La Lectura, El Gráfico, El Imparcial, La Escuela Moderna, Feminal, Diario de la Marina de La Habana o Renacimiento de Filipinas.

• Nociones de Higiene y Economía Doméstica. Imp. Leandro Pérez, Huesca, 1896.
• En colaboración con Isabel Martínez Campos, Sencillo método de Corte para uso de las escuelas, Imp. de Leandro Pérez, Huesca, 1897.
• La Escuela y la Patria. Lecturas manuscritas. Imp. y Librería de Santiago Rodríguez, Burgos, 1899. Se reeditó  hasta 1943.^[1]​
• Su libro más destacado es el Compendio de historia de la civilización (1911), declarado de interés relevante por la Real Academia de la Historia.^[2]​
• Mercurio. Excursiones escolares. Lecciones amenas e instructivas acerca de los productos naturales elaborados, con aplicación a la vida humana en lo concerniente al alimento, al vestido y al hogar. Hijos de J. Jepús, Barcelona, 1913.
• Los grandes inventos explicados a los niños. Est. Editores de A. J. Bastinos. Barcelona, 1914. (Contiene: La imprenta, el papel, el grabado, la litografía y la fotografía. El carbón como auxiliar de los grandes inventos. El vapor. El gas, el alumbrado y el acetileno. La electricidad. El telégrafo. El teléfono. El fonógrafo. La navegación aérea).
• Alma infantil (Notas de una colonia escolar). Libro de lectura para las escuelas de niños y niñas. Sucursal de Hernando, Madrid, 1911.
• La cocina racional. Fórmulas y procedimientos. Biblioteca Hispania, Madrid, 1915
• Santa Teresa de Jesús. Ed. Ramón Sopena, Barcelona, 1919.
• Mi primer libro. Ed. Sopena, Barcelona, 1923.
• Vida de colegio (Novela infantil). Libro de lecturas para las escuelas de niños y niñas, Lib. Suc. de Hernando, Madrid, 1916.

• El tesoro de Abigail, narración de Tierra Santa. Friburgo de Brisgovia. Herder, Barcelona, 1989.
• Emprendamos nueva vida. Novela. Henrich y Cia. Barcelona, 1905.
• Cuentos orientales, Antonio J. Bastinos, Barcelona, 1908
• Aves de paso. Novela infantil. Talleres Tip. de L. Pérez, Huesca, 1909.
• Cuentos del sábado, Einsiedeln, Est. Benziger y Cia. Suiza, 1909. (Contiene: Ni-ju. La hucha rota. Pasión funesta. Mariem. Lilí. La Patria ante todo. Carta al cielo).
• Visión de vida. Novela. Abadía y Capapé, Zaragoza, 1909. También publicada por Cecilio Gasca, Librero, Zaragoza.
• La novela de la infancia. Hijos de Santiago Rodríguez, Burgos.
• Flores de loto. Cuentos arqueológicos. Friburgo de Brisgovia. Barcelona, Herder.
• O-Toyo. Novelita japonesa. Bastinos, Barcelona.

• Bracco, Roberto: Muecas humanas, con prólogo de Carmen de Burgos -Colombine-, Ed. Sampere y Cia. Valencia, 1906.
• Key, Ellen: Amor y matrimonio, obra que también prologa. Imp. Henrich y Cia. Barcelona, 1907.
• Rossi, Pascual: Psicología colectiva morbosa. Carbonell y Esteva, Barcelona, 1908, con la colaboración de su hermana Carmen.
• Queyrat, Federico: La imaginación y sus variedades en el niño. Estudio de psicología experimental aplicada a la educación intelectual. Traducción de la tercera edición francesa. Lib. Suc. de Hernando, Madrid, 1910.

• Rufino Blanco y Sánchez, Elementos de literatura española..., Madrid, 1925, pp. 471-472.
• Carmen Muñoz Olivares, Los Rincones de la Vida. Magdalena de Santiago-Fuentes: Mujeres comprometidas. Universidad de Castilla-La Mancha, 2004.

• Obras digitalizadas de Magdalena Santiago Fuentes en la Biblioteca Digital Hispánica de la Biblioteca Nacional de España