El nombre «Magdalena» hace referencia a la santa patrona de la localidad: María Magdalena. El nombre «Cuayucatepec» tiene dos posibles significados. Una hipótesis es que proviene de los términos en náhuatl Cuahuyocan, lugar arbolado; tepetl, cerro; y c, en. Su significado sería «cerro que tiene espesa arboleda». Otra hipótesis es que proviene de los términos en náhuatl Cuayuca, gentilicio de los habitantes de Cuayuca; tepetl, cerro; y co, locativo. Su significado sería «en el cerro de Cuayuca».