Desde temprana edad acompañó a su madre quien trabajaba como ingeniera zootecnista para el Fondo de Cooperación para el Desarrollo Social (FONCODES),^[6]​donde se encargaba de supervisar las plantaciones de cultivos, los programas de alfabetización y las construcciones de escuelas rurales. Esta experiencia despertó su interés por la ciencia y el servicio social.^[7]​

Estudió medicina, en la Facultad de Mediacina de la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH).^[7]​ Obtuvo una beca en la Universidad de Washington en Seattle, Estados Unidos, donde cursó su maestría (2005) y un doctorado en Salud Pública con especialización en epidemiología.^[8]​ Además, realizó un diplomado en infecciones de transmisión sexual y otro en informática médica, complementando su formación con un postdoctorado.^[9]​ Participó en el curso de investigación científica en el Fogarty International Center y en la capacitación de liderazgo de mujeres en investigación de la Universidad de Berkeley.^[10]​

En el 2006, se desempeñó como investigadora principal de estudios de Investigación para la prevención de VIH en la ONG Vía Libre.

En 2009, Magaly Blas asumió la dirección de la Unidad de Ciudadanía Intercultural y Salud Indígena en la Facultad de Salud Pública y Administración de la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH), cargo que mantiene hasta la actualidad.^[2]​

Desde el 2011, es profesora asociada de la UPCH, donde imparte la Maestría en Control de Enfermedades Infecciosas y Tropicales. Es directora de la Maestría y el Posgrado en Informática Biomédica. Y desde el 2014 es profesora de la asignatura de salud pública global.^[9]​

En el 2018 inició el proyecto "Mamás del Río", el cual tuvo como objetivo promover las prácticas de salud materno infantil en las áreas rurales de la Amazonía Peruana mediante el entrenamiento a los agentes comunitarios de salud para que realicen visitas domiciliarias a las mujeres gestantes o con recién nacidos. A su vez, trabajó con parteras y personal de centros de salud sobre la atención inmediante a recién nacidos. En el 2021, se expande el proyecto "Mamás del Río" hacia el proyecto "Mamás sin Fronteras" en la Amazonía colombiana, beneficiando a más de 30 comunidades a lo largo del Río Putumayo en Perú, así como Puerto Leguízamo y El Encanto-San Rafael en Colombia.^[11]​

En el 2024, Blas fue galardonada con la beca Fulbright, otorgada por la Comisión Fulbright. Este reconocimiento estuvo dirigida a mujeres peruanas con doctorados en áreas STEM (Ciencia, Tecnología, Ingenería y Matemáticas). Con esta beca, Blas llevó a cabo una estancia como investigadora visitante en la Universidad de Arizona, Estados Unidos.​ Su estancia le permitió profundizar en temas de salud rural e indígena, así como en nuevas propuestas de innovación en el ámbito de la salud pública.^[12]​ Además, el mismo año el equipo de Mamás de la Frontera obtuvo el 1er lugar en la V edición del Concurso Nacional de Experiencias y Buenas Prácticas en Atención Primaria de Salud (APS) organizado por la Comunidad de Prácticas en APS Perú junto con la Organización Panamericana de la Salud (OPS/OMS), reconoció el aporte en la mejora del acceso a servicios para comunidades indígenas en la zona fronteriza entre Perú y Colombia.^[13]​

Desde 2024, trabaja en la Secretaría de Incidencia Política en Medicina y Salud Pública en el Colegio Médico del Perú, donde ha impulsado propuestas como la eliminación del transexualismo como problema de salud mental en el reglamento del Ministerio de Salud, la promoción de la equidad de género en la medicina y el desarrollo de la Ley de Agentes Comunitarios de Salud. ^[14]​^[15]​

En 2011, recibió un fellowship del programa Fogarty del Instituto Nacional de Salud de Estados Unidos,^[10]​ con el que lideró el proyecto AINBO (término shipibo que significa "mujer"). Este estudio estaba centrado en comunidades indígenas de Ucayali y buscaba responder a la interrogante de si el Virus del Papiloma Humano (VPH), causante del cáncer de cuello uterino, estaba relacionado al virus HTLV, asociado a la leucemia, linfoma y dificultades motoras. ^[6]​

Impulsó el proyecto Mamás del Río,^[8]​ con el objetivo de mejorar la salud materna y neonatal en comunidades amazónicas.^[16]​ El programa consiguió aumentar el número de controles prenatales en el primer trimestre del embarazo y reducir las complicaciones durante el parto,^[17]​ por lo que, debido al notable éxito se amplió a 84 comunidades.^[18]​^[4]​

• Premio "New Investigator in Global Health" del Global Health Council - 2010.^[1]​
• Fellowship del programa Fogarty del NIH - 2011^[10]​
• Premio Internacional de la Fundación Elsevier para mujeres investigadoras, en reconocimiento por su destacada labor en la investigación científica - 2016^[2]​
• Blas fue ganadora del premio L’oréal-Unesco-Concytec por su trabajo en el proyecto Mamás del Río.^[19]​^[20]​^[21]​^[22]​
• En el 2016, obtuvo el premio de Buenas Prácticas en Gestión Pública en la categoría Cooperación Público-Privado de la Institución "Ciudadanos al Día" por su proyecto “Mamás del Río” - 2016^[23]​
• Premio Mujeres en la Innovación de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, reconocimiento por su innovación en el campo de la salud pública - 2018^[2]​
• Beneficiaria de Beca Eisenhower, que apoya a líderes emergentes en diversas disciplinas - 2018^[1]​
• Reconocimiento a la Innovación Social en Salud en la Región Andina por la Organización Panamericana de la Salud, por su impacto en la salud materno-infantil en comunidades amazónicas - 2019^[11]​^[24]​^[25]​
• Beneficiaria de Beca Fullbright, que promueve el intercambio educativo y cultural entre Estados Unidos y otros países - 2024^[12]​
• Primer puesto en el Concurso Nacional de Experiencias y Buenas Prácticas en Atención Primaria de Salud, otorgado al proyecto "Mamás de la frontera" - 2024^[13]​

• Beca Fulbright
• Revista Forbes
• Colegio Médico del Perú

• Mamás del Río - Programa