Magnin comenzó como junior en el FC Echallens antes de empezar en Lausanne-Sports, y acabó en el Yverdon-Sport FC, entrenado por Lucien Favre, donde llegó a los últimos niveles junior. En 1999, debutó profesionalmente en el Yverdon Sports.^[1]​ En verano de 2000, fue transferido al AC Lugano de la primera división: la Super Liga Suiza.

A inicios de 2002, Magnin fue transferido al poderoso Werder Bremen de la Bundesliga en una suma de aproximadamente 1 millón de francos suizos. Ahí logró el doblete a conseguir el campeonato de liga y la Copa de Alemania en 2004,^[2]​ pero no fue del todo satisfactorio pues Magnin sufrió varias lesiones y disputó solo 45 juegos en 4 años en Bremen.

En 2005, fue transferido al VfB Stuttgart, también de la Bundesliga alemana, donde se asentó en el equipo titular en la primera temporada y fue un jugador clave para su equipo en la siguiente temporada 2006-07 cuando se proclamó campeón de Alemania por segunda vez en su carrera.^[3]​ En 2008, extendió su contrato hasta junio de 2010.^[1]​

Cuando empezó a perder su puesto en el equipo titular en el inicio de la temporada 2009-10, decidió dejar el club alemán para tener continuidad y buscar un lugar en la selección de Suiza en la Copa Mundial de Fútbol de 2010. Por lo tanto, regresó a su país en enero de 2010 para vestir la camiseta del FC Zürich.^[4]​ El 27 de agosto de 2012, anunció su decisión de poner fin a su carrera como jugador tras sufrir una lesión de espalda antes del comienzo de la temporada.

Ha sido internacional con la selección de Suiza en 61 partidos y ha convertido 3 goles desde su debut en el año 2000. Fue llamado a participar en la Eurocopa 2008, donde fue el capitán del equipo en reemplazo del lesionado Alexander Frei. Además participó en la Copa Mundial de Fútbol de 2006 y la Eurocopa 2004. Inicialmente no fue convocado a la escuadra suiza para el Mundial de 2010 pero luego fue llamado en reemplazo del lesionado Christoph Spycher.^[5]​ En agosto de 2010, anunció su retiro del seleccionado europeo.^[6]​

El 20 de febrero de 2018, Magnin fue anunciado como entrenador del FC Zürich, en reemplazo de Ulrich Forte.^[7]​ En su primer temporada, obtuvo la Copa de Suiza después de vencer al Young Boys en la final.^[8]​ El 5 de octubre de 2020, fue destituido de su cargo tras un mal comienzo de la temporada 2020-21, que vio al club último en la liga después de tres jornadas.^[9]​

El 30 de diciembre de 2021, se convirtió en entrenador del Rheindorf Altach de la Bundesliga austríaca.^[10]​ El 20 de mayo de 2022, después de una crucial victoria por 2-1 sobre el WSG Tirol, el club evitó el descenso al terminar un punto por delante del Admira Wacker Mödling.^[11]​

Tres días después de salvar al Rheindorf Altach del descenso, fue anunciado como técnico del club de su ciudad natal, el Lausana-Sport.^[12]​ El 27 de mayo de 2023, gracias a un empate contra el Aarau, el club logró el ascenso a la Superliga.^[13]​ En junio de 2025, presentó su renuncia al cargo tras la finalización de la temporada.^[14]​

El 16 de junio de 2025, asumió al frente del FC Basel.^[15]​

• Ludovic Magnin no ve motivos para la desilusión Archivado el 11 de junio de 2008 en Wayback Machine.
• "Nadie canta el himno nacional tan alto como Magnin" Archivado el 11 de junio de 2008 en Wayback Machine.