Obtuvo una licenciatura con honores en Ciencias Políticas y un doctorado en la Universidad de Catania.^[4]​ Fue directora de la serie editorial Historia e Historias del Mediterráneo de Domenico Sanfilippo Editore y directora del Imes (Instituto Sur de Historia y Ciencias Sociales) - Sicilia (1997-2011).^[5]​

Hoy es presidente de la Academia de Bellas Artes de Catania,^[1]​ profesor de historia moderna en la Universidad de Catania,^[6]​ miembro del consejo docente del Doctorado en Historia de la Scuola Normale Superiore de Pisa^[7]​ y de Società Italiana per la Storia dell'Età Moderna. Desde 2017 es vicepresidente del Teatro Stabile di Catania; ^[5]​ Es codirectora, junto con Cinzia Cremonini, de Mo.Do. - Rivista di Storia, Scienze umane e Cultural Heritage, editada por el Centro Osservatorio sul Mezzogiorno d'Europa.^[8]​^[9]​

También colabora con la Enciclopedia Treccani,^[10]​^[11]​ es coordinadora nacional (desde 2020) del área Ciencias históricas, filosóficas y pedagógicas de la Agenzia nazionale di valutazione del sistema universitario e della ricerca^[12]​ y forma parte del Comité Nacional para las celebraciones del centenario de la muerte de Nino Martoglio, instituido en 2021 por el Ministerio de Cultura italiano.^[13]​

En España es Académica Correspondiente de la Real Academia de la Historia, primera historiadora siciliana y cuarta en Italia con este reconocimiento.^[14]​ En la Universidad de Valladolid es miembro del comité científico de la revista “Erasmo. Revista de Historia Bajomedieval y Moderna” y miembro del grupo de investigación “Centro del poder y cultura politíca de la monarquía de España en Barroco”.

Su actividad investigadora se refiere en particular a la demografía histórica, la historia comunitaria, la historia de la aristocracia europea, la historia socio-religiosa -en particular, los cambios en las instituciones civiles y eclesiásticas de la sociedad europea después del punto de inflexión del Concilio de Trento-, pero también la energía y ambiente.

• (2013 - hoy) Académica Correspondiente de Real Academia de la Historia.^[14]​^[3]​
• (2020) Premio Domenico Danzuso.^[15]​^[16]​

Algunas obras (La Sicilia degli heroi y Magnus Siculus) están traducidas al español.^[17]​

• Obbedientissime ad ogni ordine. Tra disciplina e trasgressione: il monastero di Santa Lucia in Adrano. Secoli XVI-XVIII, Domenico Sanfilippo Editore, Catania, 1998, ISBN 9788885127227.
• Ai piedi dell'altare. Politica e conflitto religioso nella Sicilia d'età moderna, Meridiana libri, Roma 2001, 138pp, ISBN 9788886175678.
• Ella contribuyó a "Guerre di santi" nella provincia di Catania. Conflitti religiosi e socio-politici nei Comuni di Militelo, Mineo, Randazzo e Vizzini, Biblioteca della Provincia Regionale di Catania, Catania 2003.
• Il controllo del sacro. Poteri e istituzioni concorrenti nella Palermo di Cinque e Seicento, Viella, Roma 2004, ISBN 9788883346118 (cartaceo), ISBN 9788883341342 (cartaceo), ISBN 9788883346118 (e-book).
• Lina Scalisi, Domenico Ligresti e Pinella Di Gregorio, Agira tra XVI e XIX secolo. Studi e ricerche su una comunità di Sicilia, Sciascia ed., 2004, 704pp, ISBN 9788882411862.
• La Sicilia dei Moncada. Le corti, l'arte e la cultura nei secoli XVI e XVII, Domenico Sanfilippo Editore, Catania 2006, 311pp, ISBN 9788885127449.
• La Sicilia degli heroi: storie di arte e di potere tra Sicilia e Spagna, Domenico Sanfilippo Editore, Catania, 2008, 190pp, ISBN 9788885127487.
• Catania. L'identità urbana dall'antichità al settecento, Domenico Sanfilippo Editore, Catania 2009, ISBN 9788885127500.
• Magnus Siculus: la Sicilia tra Impero e Monarchia (1513-1578), Laterza, Roma 2012, 243pp, ISBN 9788858106181.
• Lina Scalisi e Roberto Bruno, Sviluppo e ambiente: contributi per una nuova stagione di ricerca, Sciascia ed., 2012, 365pp, ISBN 9788882413835.
• Per riparar l'incendio: le politiche dell'emergenza dal Perù al Mediterraneo, Domenico Sanfilippo Editore, Catania, 2013, 125pp, ISBN 9788885127609.
• Da Palermo a Colonia: Carlo Aragona Tagliavia e la questione delle Fiandre (1577-1580), Viella, Roma, 2019, 155pp, ISBN 9788833132297.
• Fra le mura della modernità le rappresentazioni del limite dal Cinquecento ad oggi, di Lina Scalisi e Carlos José Hernando Sánchez, Viella, Roma, 2019, ISBN 9788833132587.
• Relazioni, contesti e pratiche della narrazione, di Lina Scalisi e Pina Travagliante, Algra editore, 2019, 214pp, ISBN 9788893412810.
• Potere e sentimento. Strategie matrimoniali nel Rinascimento italiano, di Lina Scalisi, Edizioni di Storia e Letteratura, 2023, 128pp, ISBN 9788893598163.