Se organiza en base al convenio de colaboración entre la Federación Vasca de Natación y la Federación Navarra de Natación, estando abierta a la participación de otros equipos y federaciones de la zona (Cantabria, Castilla y León,...).^[1]​

Ya a finales de la década de 1990 participó algún equipo fuera de las federaciones vasca y navarra como el burgalés Club Waterpolo Castellae, de la Federación de Castilla y León de Natación, subcampeón en tres temporadas.

Actualmente cuenta con dos divisiones de competición, teniendo la segunda un ascenso a la primera y la primera teniendo acceso a la competición de tercera división de la Liga española de waterpolo masculino (Segunda División de waterpolo de España).

En la década de 2020, el Waterpolo Club Logroño, de la Federación Riojana de Natación se sumó a la competición (en 2.ª división), siendo el primer equipo en aceptar la invitación de su federación.^[2]​

Los títulos desde 1997, año en el que se empieza el acuerdo vasco-navarro:^[3]​

(1) En el año 2020, la liga sénior masculina se dio por suspendida debido al confinamiento por coronavirus. Los partidos que restaban por disputarse se suspendieron y las clasificaciones, tal y como se encontraban en el momento de su paralización por la declaración del estado de alarma sanitaria, se dieron como definitivos.