El club fue fundado en 2004 como resultado de la reubicación y cambio de nombre del entonces Club Zacatepec.^[3]​ Esta transformación se produjo tras incidentes de violencia ocurridos durante la semifinal del torneo de 2003,^[4]​ lo que llevó a trasladar la franquicia a Xochitepec, en el estado de Morelos.^[5]​

Debutó en la temporada Apertura 2004 heredando el lugar y el registro del Club Zacatepec en la liga. En su primer partido oficial venció 5-0 a Cruz Azul Oaxaca y finalizó la fase regular como segundo lugar de su grupo, logrando así la clasificación a la liguilla.^[6]​

En la fase final del torneo, el equipo eliminó a Lagartos de Tabasco en cuartos de final, pero fue derrotado en semifinales por el Club León.^[7]​

El club tuvo una participación de un solo torneo. Al término del certamen, la franquicia fue adquirida por un grupo empresarial que decidió trasladarla a la ciudad de Querétaro, donde fue utilizada para reconstituir al Querétaro Fútbol Club.^[8]​