Formado futbolísticamente en el Santo Tomás de Villanueva escuela formadora de jugadores como Alan Liebeskind, Phillipe Esteves, Danny Alves, Nicolás Ladislao Fedor Flores más conocido como Miku y en la escuela de fútbol Hermandad Gallega de Caracas. Perteneció a las filas del extinto Deportivo Italchacao de 2004 a 2006 y Estrella Roja FC en 2007, período donde destacó como capitán de la oncena cívico-militar. De Estrella Roja FC fue traspasado al Caracas FC jugando Copa Libertadores en 2009 y 2010.

En cuanto a las pasantías de Bautista al pasar las fronteras venezolanas, en 2008 el zaguero estuvo a prueba con el KV Kortrijk de Bélgica. Más adelante, en 2009, Los Ángeles Galaxy y las Chivas USA fueron las plantillas de la Major League Soccer donde Henry tuvo la oportunidad de probar suerte durante algunos meses.

Con el Caracas FC ha logrado dos títulos y un subcampeonato, además, un título de la Copa Venezuela 2009.

Apertura 2011, ficha por el Real Esppor Club y donde tuvo oportunidad de volver a estar bajo el mando del profesor, Noel Sanvicente (chita). En el año 2012 entró al Atlético Venezuela, al año siguiente pasó al Deportivo Petare donde fue capitán y disputó 30 partidos. Ahora pasó nuevamente a un equipo capitalino, tal como el UCV FC de la Segunda División de Venezuela.

Actualmente "juega" en el Lavapies C.F. de la comunidad de Madrid