La familia kwomntai consiste en dos ramas, una formada por el guriaso bastante diferente del resto de lenguas y la rama kwomtari-nai:

• Familia kwomtari
  • Guriaso
  • Subfamilia kwomtari–nai (Kwomtari nuclear)
    • Kwomtari
    • Nai (biaka)

Ha existido cierta confusión sobre la clasificación de la subfamilia kwomtari, debido a que a un desalineamiento en la publicación de los datos usados para clasificación original.^[1]​

Las lenguas kwomtari se clasifican frecuentemente como parte de una familia más amplia que incluye también a las lenguas fas (a veces llamadas lenguas baibai), la llamada familia kwomtari-fas (kwomtari-baibai), esta última familia se ha denominado con cierta frecuencia se ha denominado simplemente "kwomtari" en la literatura; sin embargo, Baron no vee ninguna evidencia de que las similitudes superficiales se deban a un parentesco. Véase lenguas kwomtari-fas para más detalles.

El guriaso comparte un número pequeño de cognados con la rama kwomtari-nai. Sin embargo, la evidencia parece convincente una vez identificada una correspondencia regular entre /ɾ~l/ y /n/ (derivados ambos de *ɾ):

GLOSA	Guriaso	Kwomtari
Sufijos verbales (1pl, 2pl, 3pl)	-nɔ, -mɛ, -no	-ɾe, -mo, -ɾe*
perro	map	mau
oreja	mətɛnu	futɛne
cocodrilo	mɔməni	maməle
pequeño	tɔkəno	tɔkweɾo
nariz	apədu	tipu**

* Compárense los sufijos del biaka -ɾo, -mo, -na. ** Metátesis de /p/ y /t/.

Los numerales en diferentes lenguas kwomtari:^[2]​

GLOSA	Kwomtari	Nai (Biaka)	PROTO- KWOMTARI
'1'	ˈmʷɐmɔɭɛ	maime	*ma-
'2'	ˈɐrɛ	areme	*are-
'3'	ˈmʷɐᵑgiβɛ	magʊfe	*maguβe
'4'	ˈjɛrɪɸurutu	amitai
'5'	ˈjɐriɭutu	yaritʊ	*yaritu
'6'	tiˈɐɭutu	kruitʊ
'7'	6+1	fritaritɔ
'8'	6+2	amekarʊtɔ
'9'	6+3	poaiomuitɔ
'10'	5+5	abatitɔ

• Lenguas papúes

• Baron, Wietze (1983). Kwomtari survey. 
• Laycock, Donald C. (1975). «Sko, Kwomtari, and Left May (Arai) phyla». En Stephen A. Wurm, ed. Papuan languages and the New Guinea linguistic scene: New Guinea area languages and language study 1. Canberra: Dept. of Linguistics, Research School of Pacific Studies, Australian National University. pp. 849-858. OCLC 37096514. 
• Loving, Richard; Jack Bass (1964). Languages of the Amanab sub-district. Port Moresby: Department of Information and Extension Services. OCLC 17101737. 

• Wietze Baron, The Kwomtari Phylum (accessed 2011-4-15)