Pioneramente, Lorenzo Hervás, a partir de 1784, establece para la familia lingüística malayo-polinesia una "lengua matriz", el malayo, diseminado por las islas del Pacífico. En principio atiende con preferencia a la distribución geográfica y en volúmenes subsiguientes, ya en la edición de Madrid, orienta la relación entre lenguas. Su clasificación es notablemente precisa y amplia.

La clasificación más actualizada corresponde a Austronesian Basic Vocabulary Database 2008, que relaciona las lenguas filipinas con las lenguas sama-bajaw en un grupo denominado sulú-filipino. La siguiente relación filogenética indica entre paréntesis el porcentaje de confiabilidad del grupo:

• Malayo-polinesio (100 %)
  • Sulú-filipino (74 %)
    • Sama-bajaw (100 %): Típico de los pueblos del archipiélago de Sulú (islas filipinas entre Borneo y Mindanao) llamados gitanos marinos y hoy dispersos en Filipinas, Borneo (Indonesia, Malasia y Brunéi) y Célebes.
    • Filipino o Filipino-gorontalo (100 %): Propio de las Filipinas y el Norte de Célebes (Indonesia).
      • Gorontalo-mongondow: En el norte de Célebes (provincias de Gorontalo y Célebes Septentrional), p. ej.: Idioma gorontalo.
      • Filipino propiamente (100 %)
        • Norfilipino (100 %): Grupo del norte y centro de Luzón. Se encuentra también al norte de Mindanao y en las pequeñas islas entre Luzón y Taiwán. P. ej.: Ilocano, pampango, batánico, pangasinense.
        • Filipino centro-meridional (83 %)
          • Central-palawánico (100%)
            • Centrofilipino o mesofilipino (100 %): Se encuentra en Bisayas, Sur de Luzón, Este de Mindanao y Sulú, p. ej: Filipino, tagalo, cebuano, hiligainón, samareño, joloano, bicolano y lenguas de los aeta como el mariveleño.
            • Palawánico (88 %): En la región Mimaropa, conformada por Palawan, Mindoro y las islas que están entre ellas.
          • Mindanao o surfilipino (100 %): Propio de Mindanao, p. ej.: Bilán.

Aproximadamente de norte a sur, Adelaar and Himmelmann (2005) divide las lenguas filipinas en los siguientes grupos:

• Norfilipino (especialmente en Luzón)
• Gran filipino central (del centro de Filipinas al norte de Célebes)
• Kalamiano (en Palawan)
• Mindanao Sur
• Sangírico (Norte de Célebes)
• Minahasano (Norte de Célebes)

Los numerales reconstruidos para diferentes ramas de lenguas filipinas son:

GLOSA	Filipino septentrional			Filipino centro- meridional						PROTO- FILIPINO
	PROTO- BATÁNICO	PROTO- LUZÓNICO CENTRAL	PROTO- LUZÓNICO SEPT.	PROTO- PALAWÁNICO	PROTO- BISAYA	PROTO- MINDANAO MERIDIONAL	PROTO- MINDANAO ORIENTAL	PROTO- MINAHASA	PROTO- SANGÍRICO
1	*ʔasaʔ			*	*ʔəsá / *ʔisá	*satu	*isa	*əsa	*əsa	*ʔəsá
2	*-dohaʔ			*	*duhá	*lɨwu	*duha	*dua	*dua	*-duhá
3	*-tluʔ			*	*təlú / *ta-tlu	*tlu	*tulu	*təlu	*təlu	*təlú
4	*ʔapat			*	*ʔaʔpat	*(q')ɨpat	*upat	*əpat	*əpat	*ʔə́(m)pat
5	*limaʔ			*	*limá		*lima	*lima	*lima	*limáʔ
6	*ʔanəm			*	*ʔənəm *ʔanʔəm		*ɨnɨm	*ənəm	*ənum	*ʔanəm
7	*-pitoʔ			*	*pitú		*pitu	*pitu	*pitu	*pituʔ
8	*-waLo			*	*walú		*walu	*ualu	*ualu	*wal̥úʔ
9	*[sa-]syam			*	*siyám		*siyam	*siow	*siaw	*siyám
10	*sa-puLuʔ			*	*sa-ŋ/m-púluʔ			*puluʔ	*pulo	*[sa-ŋ]-púl̥uʔ

• Tagalo
• Filipino
  • Entre un 95% y 99% el tagalo y el filipino son lenguas idénticas.

• Idiomas de las Filipinas
• Filipinismo
• Tagalo o filipino: 22.000.000 principalmente en Luzón;
• Cebuano: 20.000.000 principalmente en las Bisayas Centrales y Mindanao;
• Ilocano: 7.700.000 en Luzón y otras islas;
• Hiligaynon o ilongo: 7.000.000 en las Bisayas Occidentales;
• Bicolano: 3.700.000 principalmente en Bicolandia;
• Samareño: 3.100.000 principalmente en Sámar.
• Criollo chabacano: entre 2 y 3.000.000 principalmente en Zamboanga.

Academias Lingüísticas

• Komisyon sa Wikang Filipino
• Akademyang Bisaya
• Sanghiran san Binisaya ha Samar ug Leyte (extinto)

Se hablan otras lenguas minoritarias por influencia de comunidades de inmigrantes y motivaciones históricas, como español-español filipino, chino, árabe, japonés, malayo, coreano y algunas lenguas indostánicas. La constitución permite que se enseñe español y árabe de forma regular.