W. A. Foley (2003) considera que su pertenencia a las lenguas TNG ha sido bien establecida. Léxicamente parecen tener estar cerca de las lenguas de los lagos Paniai (lagos Wissel) y algo más remotamente con las lenguas de Bomberai occidental, aunque la relación con estos dos grupos todavía no están bien claros. A. Capell (1962) había considerado que el grupo de lenguas más cercanamente emparentado con las lenguas dani podría haber sido el de las lenguas kwerba, conjetura esta última que M. Ross rechaza por falta de evidencia.

Usualmente las lenguas dani se dividen en tres ramas:

• Rama dani nuclear: Hupla, Nggem, Walak, Dani del alto Baliem, Dani del bajo Baliem, Dani del Baliem medio, Dani occidental.
• idioma wano
• Rama ngalik [pocos datos disponibles]: Nduga, Silimo, Ninia Yali, Yali de Pass Valley, Yali de Angguruk.

Las lenguas ngalik que están mal documentadas (M. Ross, ni tan siquiera pudo encontrar las formas de los pronombres para clasificarlas), por lo que tal vez la clasificación anterior sufra modificaciones en el futuro.

Los numerales en diferentes lenguas dani:^[1]​

GLOSA	Dani (nuclear)			Wano	Ngalik	PROTO- DANI
	Dani oc.	Nggem	Walak		Ninia Yali
'1' 'meñique'	ambit	ambit	ambi	aˈᵐbui	mɪ'sɪʔ	*ámbi-
'2' 'anular'	mbere	mberen	mbere	ᵐbɛˈɾɛ	piˈrɛn	*mbirén
'3' 'medio'	kenagan	heŋgam	2 + 1	kɛˈna	hɪna'hən	*kenagam
'4'	2 + 2	2 + 2	2 + 2	2 + 2	u'hən 'índice'	*2+2/ 'índice'
'5'	eeŋgi-toɡon	niŋgis ambi diŋgilik	niŋgis penakge diŋgik	nɛˈŋɡit̚ pɛmɛˌnɔɣaˈpik̚	fu'wab 'pulgar'	*'mano'/ 'pulgar'
'6'	'mano' + 1	'mano' + 1	'mano' + 1	'mano' + 1	falfa'lik 'muñeca'
'7'	'mano' + 2	'mano' + 2	'mano' + 2	'mano' + 2	sa'bɪt 'antebrazo'
'8'	'mano' + 3	'mano' + 3	'mano' + 3	'mano' + 3	lɪ'kɪn 'codo'
'9'	'mano' + 3	'mano' + 4	'mano' + 4	'mano' + 4	sɔ'hɔ 'bíceps'
'10'	eeŋgi apit luŋguk	niŋgis penak-penak obok diŋgilik	niyok ambi inom	2 x 5	num 'hombro'

• Ross, Malcolm (2005). "Pronouns as a preliminary diagnostic for grouping Papuan languages". In Andrew Pawley, Robert Attenborough, Robin Hide, Jack Golson, eds. Papuan pasts: cultural, linguistic and biological histories of Papuan-speaking peoples. Canberra: Pacific Linguistics. pp. 15-66. ISBN 0858835622