La sede de la Legislatura Municipal de San Juan está localizada en la Casa de la Alcaldía de San Juan en el Viejo San Juan. Este edificio fue construido en 1604 y ha albergado la Legislatura desde su fundación y también albergó a su predecesor, el Consejo Municipal de San Juan. En este edificio también se encuentra la sede del alcalde.

La Legislatura tiene las siguientes comisiones:

• Comisión Ejecutiva, de Calendario, Ética y Asuntos Internos
• Comisión de Gobierno y de lo Jurídico
• Comisión de Hacienda, Finanzas, Fondos Federales, Auditoría y Asuntos del Contralor
• Comisión de Seguridad
• Comisión de Salud, Emergencias y Administración de Desastres
• Comisión de Desarrollo Económico, Turismo, Educación y Cultura
• Comisión de Urbanismo, Planificación y Permisos
• Comisión de Desarrollo Social, Comunitario y Asuntos de Género
• Comisión de Recursos Naturales, Energía, Ambiente, Infraestructura y Tecnología
• Comisión de Recreación, Deportes y Desarrollo de la Juventud

Entre los poderes legislativos de la Legislatura Municipal se encuentran los siguientes:

• Aprobar anualmente la resolución del presupuesto general de ingresos y gastos de operación y funcionamiento del municipio.
• Confirmar los nombramientos de los funcionarios municipales y de los oficiales municipales y miembros de juntas o entidades municipales, cuyos nombramientos estén sujetos a la confirmación de la Asamblea.
• Aprobar por ordenanza los puestos de confianza del municipio.
• Aprobar la permuta, gravamen, arrendamiento o venta de bienes inmuebles municipales.
• Autorizar la imposición de contribuciones sobre la propiedad, tasas especiales, arbitrios, tarifas, derechos o impuestos dentro de los límites jurisdiccionales del municipio sobre materias no incompatibles con la tributación del Estado con sujeción a la ley.
• Aprobar ordenanzas que impongan sanciones penales o multas administrativas por violación a las ordenanzas y resoluciones municipales.
• Autorizar los reajustes presupuestarios que someta el ejecutivo municipal y las transferencias de créditos de las cuentas para el pago de servicios personales a otras dentro del presupuesto general de gastos.
• Autorizar la contratación de empréstitos conforme a las disposiciones de la ley y reglamentarias correspondientes.
• Disponer mediante ordenanza o resolución lo necesario para implantar las facultades conferidas al municipio en lo relativo a la creación de organismos intermunicipales y el otorgamiento de convenios, en tanto y en cuanto comprometan económica y legalmente al municipio.
• Aprobar los planes del área de personal del municipio que someta el ejecutivo municipal, los reglamentos, las guías y clasificación y escalas de pago que deban adoptarse para la administración del sistema de personal.
• Aprobar los reglamentos para las compras, arrendamiento de equipo o ejecución de servicios para casos de emergencias provocadas por desastres.
• Ratificar y convalidar las gestiones, actuaciones, gastos y obligaciones incurridas por el ejecutivo municipal en el ejercicio de la facultad conferida por ley para los casos en que se decrete un estado de emergencia.
• Aprobar aquellas ordenanzas, resoluciones y reglamentos sobre asuntos y materias de la competencia o jurisdicción municipal que, deban someterse a su consideración.
• Cubrir las vacantes que surjan entre sus miembros de acuerdo al procedimiento dispuesto en ley.
• Autorizar la constitución de corporaciones municipales e intermunicipales que hayan de organizarse y operar de acuerdo a la ley.
• Realizar aquellas investigaciones, incluyendo vistas públicas, necesarias para la consideración de los proyectos de ordenanzas y resoluciones que le sometan o para propósitos de desarrollar cualquier legislación municipal.

Los legisladores municipales son electos para un término de 4 años mediante "votación Limitada" de distrito único. los escaños son distribuidos en 14 para el primer partido más votado, 2 para el segundo partido y 1 para el tercer partido.^[2]​